/usr/share/bedtools/test/subtract/test-subtract.sh is in bedtools-test 2.25.0-1.
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BT=${BT-../../bin/bedtools}
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
return 1
else
echo fail
return 0
fi
}
# cat a.bed
# chr1 10 20 a1 1 +
# chr1 50 70 a2 2 -
#
# cat b.bed
# chr1 18 25 b1 1 -
# chr1 80 90 b2 2 +
###########################################################
# test baseline subtraction
###########################################################
echo " subtract.t1...\c"
echo \
"chr1 10 18 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t2...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -f 0.5 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t3...\c"
echo \
"chr1 10 18 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -f 0.1 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -s subtraction
###########################################################
echo " subtract.t4...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -s > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -S subtraction
###########################################################
echo " subtract.t5...\c"
echo \
"chr1 10 18 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -S > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -A subtraction
###########################################################
echo " subtract.t6...\c"
echo \
"chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -A > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -A with -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t7...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -A -f 0.5 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -A with -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t8...\c"
echo \
"chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -A -f 0.1 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -N with -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t9...\c"
echo \
"chr1 0 10" > exp
$BT subtract -a c.bed -b d.bed -N -f 0.4 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -N with -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t10...\c"
touch exp
$BT subtract -a c.bed -b d.bed -N -f 0.39 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
#
# REPEAT TESTS 1-8 WITH -sorted
#
###########################################################
###########################################################
# test baseline subtraction
###########################################################
echo " subtract.t11...\c"
echo \
"chr1 10 18 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -sorted > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t12...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -f 0.5 -sorted > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t13...\c"
echo \
"chr1 10 18 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -f 0.1 -sorted > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -s subtraction
###########################################################
echo " subtract.t14...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -s -sorted > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -S subtraction
###########################################################
echo " subtract.t15...\c"
echo \
"chr1 10 18 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -S -sorted > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -A subtraction
###########################################################
echo " subtract.t16...\c"
echo \
"chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -A -sorted > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -A with -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t17...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -A -f 0.5 -sorted > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test -A with -f subtraction
###########################################################
echo " subtract.t18...\c"
echo \
"chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed -A -f 0.1 -sorted > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
#
# TEST WITH MULTIPLE DATABASES
#
###########################################################
###########################################################
# test with 2 DBs
###########################################################
echo " subtract.t19...\c"
echo \
"chr1 15 18 a1 1 +
chr1 50 55 a2 2 -
chr1 65 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed b2.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test with 2 DBs, -f option
###########################################################
echo " subtract.t20...\c"
echo \
"chr1 10 20 a1 1 +
chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed b2.bed -f 0.8 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test with 2 DBs, -f option and -N options
###########################################################
echo " subtract.t21...\c"
echo \
"chr1 50 70 a2 2 -" > exp
$BT subtract -a a.bed -b b.bed b2.bed -f 0.6 -N > obs
check obs exp
rm obs exp
|