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/usr/share/bedtools/test/map/test-map.sh is in bedtools-test 2.25.0-1.

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#!/bin/bash
BT=${BT-../../bin/bedtools}

check()
{
	if diff $1 $2; then
    	echo ok
	else
    	echo fail
	fi
}

###########################################################
#  Test defaults
############################################################
echo "    map.t01...\c"
echo \
"chr1	0	100	30
chr1	100	200	1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	6
chr3	100	200	4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test sum
############################################################
echo "    map.t02...\c"
echo \
"chr1	0	100	30
chr1	100	200	1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	6
chr3	100	200	4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o sum > obs
check obs exp
rm obs exp


###########################################################
#  Test count
############################################################
echo "    map.t03...\c"
echo \
"chr1	0	100	3
chr1	100	200	1
chr2	0	100	0
chr2	100	200	0
chr3	0	100	3
chr3	100	200	1" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o count > obs
check obs exp
rm obs exp


###########################################################
#  Test mean
############################################################
echo "    map.t04...\c"
echo \
"chr1	0	100	10
chr1	100	200	1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	2
chr3	100	200	4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o mean > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test max
############################################################
echo "    map.t05...\c"
echo \
"chr1	0	100	15
chr1	100	200	1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	3
chr3	100	200	4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o max > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test min
############################################################
echo "    map.t06...\c"
echo \
"chr1	0	100	5
chr1	100	200	1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	1
chr3	100	200	4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o min > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test mode
############################################################
echo "    map.t07...\c"
echo \
"chr1	0	100	5
chr1	100	200	1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	1
chr3	100	200	4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values2.bed -o mode > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test anti-mode
############################################################
echo "    map.t08...\c"
echo \
"chr1	0	100	10
chr1	100	200	1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	1
chr3	100	200	4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values2.bed -o antimode > obs
check obs exp
rm obs exp


###########################################################
#  Test column extraction from BEDPLUS
############################################################
echo "    map.t09...\c"
echo \
"chr1	0	100	1,2,3,4,5,-6
chr1	100	200	7
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	8,9,-10
chr3	100	200	11,12" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test min
############################################################
echo "    map.t10...\c"
echo \
"chr1	0	100	-6
chr1	100	200	7
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	-10
chr3	100	200	11" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o min > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test absmin
############################################################
echo "    map.t11...\c"
echo \
"chr1	0	100	1
chr1	100	200	7
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	8
chr3	100	200	11" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o absmin > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test max
############################################################
echo "    map.t12...\c"
echo \
"chr1	0	100	5
chr1	100	200	7
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	9
chr3	100	200	12" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o max > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test absmax
############################################################
echo "    map.t13...\c"
echo \
"chr1	0	100	6
chr1	100	200	7
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	10
chr3	100	200	12" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o absmax > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test GFF column extraction
############################################################
echo "    map.t14...\c"
echo \
"chr1	0	100	chr1,chr1,chr1,chr1,chr1
chr1	100	200	chr1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 1 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test GFF column extraction
############################################################
echo "    map.t15...\c"
echo \
"chr1	0	100	hg19_ccdsGene,hg19_ccdsGene,hg19_ccdsGene,hg19_ccdsGene,hg19_ccdsGene
chr1	100	200	hg19_ccdsGene
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 2 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test GFF column extraction
############################################################
echo "    map.t16...\c"
echo \
"chr1	0	100	start_codon,CDS,exon,CDS,exon
chr1	100	200	exon
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 3 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test GFF column extraction
############################################################
echo "    map.t17...\c"
echo \
"chr1	0	100	1,2,8,9,40
chr1	100	200	40
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 4 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test GFF column extraction
############################################################
echo "    map.t18...\c"
echo \
"chr1	0	100	9,11,20,17,200
chr1	100	200	200
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 5 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test GFF column extraction
############################################################
echo "    map.t19...\c"
echo \
"chr1	0	100	0.000000,0.000000,0.000000,0.000000,0.000000
chr1	100	200	0.000000
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 6 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test GFF column extraction
############################################################
echo "    map.t20...\c"
echo \
"chr1	0	100	+,+,+,+,+
chr1	100	200	+
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 7 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test GFF column extraction
############################################################
echo "    map.t21...\c"
echo \
"chr1	0	100	.,0,.,2,.
chr1	100	200	.
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 8 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test GFF column extraction
############################################################
echo "    map.t22..\c"
echo \
"chr1	0	100	gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";,gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";,gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";,gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";,gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";
chr1	100	200	gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 9 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t23..\c"
echo \
"chr1	0	100	chr1,chr1,chr1
chr1	100	200	chr1,chr1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	chr2,chr2
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 1 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t24..\c"
echo \
"chr1	0	100	10,15,20
chr1	100	200	110,130
chr2	0	100	.
chr2	100	200	110,130
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 2 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t25..\c"
echo \
"chr1	0	100	rs6054257,.,rs6040355
chr1	100	200	.,microsat1
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.,microsat1
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 3 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t26..\c"
echo \
"chr1	0	100	G,T,A
chr1	100	200	T,GTC
chr2	0	100	.
chr2	100	200	T,GTC
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 4 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t27..\c"
echo \
"chr1	0	100	A,A,G,T
chr1	100	200	.,G,GTCT
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.,G,GTCT
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 5 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t28..\c"
echo \
"chr1	0	100	29,3,67
chr1	100	200	47,50
chr2	0	100	.
chr2	100	200	47,50
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 6 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t29..\c"
echo \
"chr1	0	100	PASS,q10,PASS
chr1	100	200	PASS,PASS
chr2	0	100	.
chr2	100	200	PASS,PASS
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 7 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t30..\c"
echo \
"chr1	0	100	NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2,NS=3;DP=11;AF=0.017,NS=2;DP=10;AF=0.333,0.667;AA=T;DB
chr1	100	200	NS=3;DP=13;AA=T,NS=3;DP=9;AA=G
chr2	0	100	.
chr2	100	200	NS=3;DP=13;AA=T,NS=3;DP=9;AA=G
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 8 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t31..\c"
echo \
"chr1	0	100	GT:GQ:DP:HQ,GT:GQ:DP:HQ,GT:GQ:DP:HQ
chr1	100	200	GT:GQ:DP:HQ,GT:GQ:DP
chr2	0	100	.
chr2	100	200	GT:GQ:DP:HQ,GT:GQ:DP
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 9 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t32..\c"
echo \
"chr1	0	100	0|0:48:1:51,51,0|0:49:3:58,50,1|2:21:6:23,27
chr1	100	200	0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr2	0	100	.
chr2	100	200	0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 10 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test VCF column extraction
############################################################
echo "    map.t33..\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: Requested column 15, but database file test.vcf only has fields 1 - 12." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 15 -o collapse 2>&1 > /dev/null | head -3> obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test -header
############################################################
echo "    map.t33..\c"
echo \
"#header
chr1	0	100	0|0:48:1:51,51,0|0:49:3:58,50,1|2:21:6:23,27
chr1	100	200	0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr2	0	100	.
chr2	100	200	0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr3	0	100	.
chr3	100	200	." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -header -c 10 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test -null
############################################################
echo "    map.t33..\c"
echo \
"chr1	0	100	0|0:48:1:51,51,0|0:49:3:58,50,1|2:21:6:23,27
chr1	100	200	0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr2	0	100	NULL
chr2	100	200	0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr3	0	100	NULL
chr3	100	200	NULL" > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -null NULL -c 10 -o collapse > obs
check obs exp

###########################################################
#  Test -s
############################################################
echo "    map.t34..\c"
echo \
"chr1	0	10	a1	10	-	.
chr2	10	20	a7	2	+	.
chr3	120	130	a9	4	-	." > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values.bed -c 4 -o collapse -s > obs
check obs exp

###########################################################
#  Test -S
############################################################
echo "    map.t35..\c"
echo \
"chr1	0	10	a1	10	-	a1
chr2	10	20	a7	2	+	.
chr3	120	130	a9	4	-	a8" > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values.bed -c 4 -o collapse -S > obs
check obs exp

###########################################################
#  Test -f 0.1
############################################################
echo "    map.t36..\c"
echo \
"chr1	0	10	a1	10	-	a1
chr2	10	20	a7	2	+	.
chr3	120	130	a9	4	-	a8" > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values5.bed -c 4 -o collapse -f 0.1 > obs
check obs exp

###########################################################
#  Test -f 0.7
############################################################
echo "    map.t37..\c"
echo \
"chr1	0	10	a1	10	-	.
chr2	10	20	a7	2	+	.
chr3	120	130	a9	4	-	a8" > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values5.bed -c 4 -o collapse -f 0.7 > obs
check obs exp

###########################################################
#  Test -f 0.9
############################################################
echo "    map.t38..\c"
echo \
"chr1	0	10	a1	10	-	.
chr2	10	20	a7	2	+	.
chr3	120	130	a9	4	-	." > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values5.bed -c 4 -o collapse -f 0.9 > obs
check obs exp

###########################################################
#  Test -g
############################################################
echo "    map.t39..\c"
echo \
"chr1	10	20	chr1
chr2	10	20	chr2
chr2	200	300	.
chr10	10	20	chr10
chr10	20	30	." > exp
$BT map -a a.vsorted.bed -b b.vsorted.bed -c 1 -o collapse > obs
check obs exp

###########################################################
#  Test -g
############################################################
echo "    map.t40..\c"
echo \
"chr1	10	20	chr1
chr2	10	20	chr2
chr2	200	300	.
chr10	10	20	chr10
chr10	20	30	." > exp
$BT map -g genome -a a.vsorted.bed -b b.vsorted.bed -c 1 -o collapse > obs
check obs exp

###########################################################
#  Test invalid column
############################################################
echo "    map.t41..\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: Requested column 41, but database file test.vcf only has fields 1 - 12." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 41 -o collapse 2>&1 > /dev/null | head -3> obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test invalid column
############################################################
echo "    map.t42..\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: Requested column -1, but database file test.vcf only has fields 1 - 12." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c -1 -o collapse 2>&1 > /dev/null | head -3> obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test invalid column
############################################################
echo "    map.t43..\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: Requested column 0, but database file test.vcf only has fields 1 - 12." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 0 -o collapse 2>&1 > /dev/null | head -3> obs
check obs exp
rm obs exp


###########################################################
#
#  DEPRECATED
#  Test that Bam database is not allowed
############################################################
echo "    map.t44...\c"
#echo -e "\n*****\n***** ERROR: BAM database file not currently supported for column operations." > exp
#$BT map -a ivls.bed -b values.bam 2> obs
#check obs exp
#rm obs exp
echo ok



###########################################################
#  Test that -split option works correctly
############################################################
echo "    map.t45...\c"
echo "chr1	0	50	three_blocks_match	15	+	0	0	0	3	10,10,10,	0,20,40,	." > exp
$BT map -o sum -a three_blocks_match.bed -b three_blocks_nomatch.bed -split > obs
check obs exp
rm obs exp






###########################################################
#
#
#  Tests for multiple columns and operations
#
#
############################################################


###########################################################
#  Test that error is given when ops outnumber columns
############################################################
echo "    map.t46...\c"
echo \
"chr1	0	100	3	30
chr1	100	200	1	1
chr2	0	100	0	.
chr2	100	200	0	.
chr3	0	100	3	6
chr3	100	200	1	4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o count,sum  > obs
check obs exp
rm obs exp


###########################################################
#  Test that error is given when columns outnumber ops,
# if there are two or more ops.
############################################################
echo "    map.t47...\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: There are 3 columns given, but there are 2 operations."  > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -c 5,1,2 -o count,sum 2>&1 > /dev/null | head -3 > obs
check obs exp
rm obs exp


###########################################################
#  Test that numeric ops for non-numeric columns are
# allowed, but give a warning
############################################################
echo "    map.t48...\c"
echo \
" ***** WARNING: Non numeric value chr1 in 1.
 ***** WARNING: Non numeric value chr1 in 1.
 ***** WARNING: Non numeric value chr3 in 1.
 ***** WARNING: Non numeric value chr3 in 1." > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -c 1 -o sum 2>&1 > /dev/null | cat - > obs
check obs exp
rm obs exp


###########################################################
#  Test that multiple columns are allowed with a 
# single operation
############################################################
echo "    map.t49...\c"
echo \
"chr1	0	100	65	9
chr1	100	200	1	7
chr2	0	100	.	.
chr2	100	200	.	.
chr3	0	100	6	7
chr3	100	200	8	23" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 5,7 -o sum > obs
check obs exp
rm obs exp


###########################################################
#  Test that multiple columns are allowed with an
#  equal number of ops that aren't all the same
############################################################
echo "    map.t50...\c"
echo \
"chr1	0	100	13.5	65	9
chr1	100	200	120	1	7
chr2	0	100	.	.	.
chr2	100	200	.	.	.
chr3	0	100	10	6	7
chr3	100	200	120	8	23" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 2,5,7 -o mean,sum,sum > obs
check obs exp
rm obs exp


###########################################################
#  Test stddev
############################################################
echo "    map.t51...\c"
echo \
"chr1	0	100	12.91666667
chr1	100	200	0
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	76.22222222
chr3	100	200	0.25" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o stddev > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test sample_stddev
############################################################
echo "    map.t52...\c"
echo \
"chr1	0	100	15.5
chr1	100	200	.
chr2	0	100	.
chr2	100	200	.
chr3	0	100	114.3333333
chr3	100	200	0.5" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o sample_stddev > obs
check obs exp
rm obs exp

###########################################################
#  Test BAM file as DB
############################################################
echo "    map.t53...\c"
echo \
"chr1	10000	12000	2.5
chr1	15000	20000	11.44444444" > exp
$BT map -a d.bed -b fullFields.bam -c 5 -o mean > obs
check exp obs
rm exp obs


###########################################################
#  Bug 262: Test stranded map with BedPlus records. 
# -s (lowercase) should give results
############################################################
echo "    map.t54...\c"
echo \
"1	3215742	3216021	.	0	-	1
1	3217007	3218115	.	0	-	1" > exp
$BT map -a bug262_a.bed -b bug262_b.bed -s > obs
check exp obs
rm exp obs


###########################################################
#  Bug 262: Test stranded map with BedPlus records. 
# -S (uppercase) should NOT give results
############################################################
echo "    map.t55...\c"
echo \
"1	3215742	3216021	.	0	-	.
1	3217007	3218115	.	0	-	." > exp
$BT map -a bug262_a.bed -b bug262_b.bed -S > obs
check exp obs
rm exp obs