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BT=${BT-../../bin/bedtools}
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
else
echo fail
fi
}
###########################################################
# Test defaults
############################################################
echo " map.t01...\c"
echo \
"chr1 0 100 30
chr1 100 200 1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 6
chr3 100 200 4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test sum
############################################################
echo " map.t02...\c"
echo \
"chr1 0 100 30
chr1 100 200 1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 6
chr3 100 200 4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o sum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test count
############################################################
echo " map.t03...\c"
echo \
"chr1 0 100 3
chr1 100 200 1
chr2 0 100 0
chr2 100 200 0
chr3 0 100 3
chr3 100 200 1" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o count > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test mean
############################################################
echo " map.t04...\c"
echo \
"chr1 0 100 10
chr1 100 200 1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 2
chr3 100 200 4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o mean > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test max
############################################################
echo " map.t05...\c"
echo \
"chr1 0 100 15
chr1 100 200 1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 3
chr3 100 200 4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o max > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test min
############################################################
echo " map.t06...\c"
echo \
"chr1 0 100 5
chr1 100 200 1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 1
chr3 100 200 4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o min > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test mode
############################################################
echo " map.t07...\c"
echo \
"chr1 0 100 5
chr1 100 200 1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 1
chr3 100 200 4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values2.bed -o mode > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test anti-mode
############################################################
echo " map.t08...\c"
echo \
"chr1 0 100 10
chr1 100 200 1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 1
chr3 100 200 4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values2.bed -o antimode > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test column extraction from BEDPLUS
############################################################
echo " map.t09...\c"
echo \
"chr1 0 100 1,2,3,4,5,-6
chr1 100 200 7
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 8,9,-10
chr3 100 200 11,12" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test min
############################################################
echo " map.t10...\c"
echo \
"chr1 0 100 -6
chr1 100 200 7
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 -10
chr3 100 200 11" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o min > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test absmin
############################################################
echo " map.t11...\c"
echo \
"chr1 0 100 1
chr1 100 200 7
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 8
chr3 100 200 11" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o absmin > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test max
############################################################
echo " map.t12...\c"
echo \
"chr1 0 100 5
chr1 100 200 7
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 9
chr3 100 200 12" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o max > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test absmax
############################################################
echo " map.t13...\c"
echo \
"chr1 0 100 6
chr1 100 200 7
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 10
chr3 100 200 12" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o absmax > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test GFF column extraction
############################################################
echo " map.t14...\c"
echo \
"chr1 0 100 chr1,chr1,chr1,chr1,chr1
chr1 100 200 chr1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 1 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test GFF column extraction
############################################################
echo " map.t15...\c"
echo \
"chr1 0 100 hg19_ccdsGene,hg19_ccdsGene,hg19_ccdsGene,hg19_ccdsGene,hg19_ccdsGene
chr1 100 200 hg19_ccdsGene
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 2 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test GFF column extraction
############################################################
echo " map.t16...\c"
echo \
"chr1 0 100 start_codon,CDS,exon,CDS,exon
chr1 100 200 exon
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 3 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test GFF column extraction
############################################################
echo " map.t17...\c"
echo \
"chr1 0 100 1,2,8,9,40
chr1 100 200 40
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 4 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test GFF column extraction
############################################################
echo " map.t18...\c"
echo \
"chr1 0 100 9,11,20,17,200
chr1 100 200 200
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 5 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test GFF column extraction
############################################################
echo " map.t19...\c"
echo \
"chr1 0 100 0.000000,0.000000,0.000000,0.000000,0.000000
chr1 100 200 0.000000
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 6 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test GFF column extraction
############################################################
echo " map.t20...\c"
echo \
"chr1 0 100 +,+,+,+,+
chr1 100 200 +
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 7 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test GFF column extraction
############################################################
echo " map.t21...\c"
echo \
"chr1 0 100 .,0,.,2,.
chr1 100 200 .
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 8 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test GFF column extraction
############################################################
echo " map.t22..\c"
echo \
"chr1 0 100 gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";,gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";,gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";,gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";,gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";
chr1 100 200 gene_id \"CCDS30744.1\"; transcript_id \"CCDS30744.1\";
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.gff -c 9 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t23..\c"
echo \
"chr1 0 100 chr1,chr1,chr1
chr1 100 200 chr1,chr1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 chr2,chr2
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 1 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t24..\c"
echo \
"chr1 0 100 10,15,20
chr1 100 200 110,130
chr2 0 100 .
chr2 100 200 110,130
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 2 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t25..\c"
echo \
"chr1 0 100 rs6054257,.,rs6040355
chr1 100 200 .,microsat1
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .,microsat1
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 3 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t26..\c"
echo \
"chr1 0 100 G,T,A
chr1 100 200 T,GTC
chr2 0 100 .
chr2 100 200 T,GTC
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 4 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t27..\c"
echo \
"chr1 0 100 A,A,G,T
chr1 100 200 .,G,GTCT
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .,G,GTCT
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 5 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t28..\c"
echo \
"chr1 0 100 29,3,67
chr1 100 200 47,50
chr2 0 100 .
chr2 100 200 47,50
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 6 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t29..\c"
echo \
"chr1 0 100 PASS,q10,PASS
chr1 100 200 PASS,PASS
chr2 0 100 .
chr2 100 200 PASS,PASS
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 7 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t30..\c"
echo \
"chr1 0 100 NS=3;DP=14;AF=0.5;DB;H2,NS=3;DP=11;AF=0.017,NS=2;DP=10;AF=0.333,0.667;AA=T;DB
chr1 100 200 NS=3;DP=13;AA=T,NS=3;DP=9;AA=G
chr2 0 100 .
chr2 100 200 NS=3;DP=13;AA=T,NS=3;DP=9;AA=G
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 8 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t31..\c"
echo \
"chr1 0 100 GT:GQ:DP:HQ,GT:GQ:DP:HQ,GT:GQ:DP:HQ
chr1 100 200 GT:GQ:DP:HQ,GT:GQ:DP
chr2 0 100 .
chr2 100 200 GT:GQ:DP:HQ,GT:GQ:DP
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 9 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t32..\c"
echo \
"chr1 0 100 0|0:48:1:51,51,0|0:49:3:58,50,1|2:21:6:23,27
chr1 100 200 0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr2 0 100 .
chr2 100 200 0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 10 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test VCF column extraction
############################################################
echo " map.t33..\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: Requested column 15, but database file test.vcf only has fields 1 - 12." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 15 -o collapse 2>&1 > /dev/null | head -3> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test -header
############################################################
echo " map.t33..\c"
echo \
"#header
chr1 0 100 0|0:48:1:51,51,0|0:49:3:58,50,1|2:21:6:23,27
chr1 100 200 0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr2 0 100 .
chr2 100 200 0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr3 0 100 .
chr3 100 200 ." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -header -c 10 -o collapse > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test -null
############################################################
echo " map.t33..\c"
echo \
"chr1 0 100 0|0:48:1:51,51,0|0:49:3:58,50,1|2:21:6:23,27
chr1 100 200 0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr2 0 100 NULL
chr2 100 200 0|0:54:7:56,60,0/1:35:4
chr3 0 100 NULL
chr3 100 200 NULL" > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -null NULL -c 10 -o collapse > obs
check obs exp
###########################################################
# Test -s
############################################################
echo " map.t34..\c"
echo \
"chr1 0 10 a1 10 - .
chr2 10 20 a7 2 + .
chr3 120 130 a9 4 - ." > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values.bed -c 4 -o collapse -s > obs
check obs exp
###########################################################
# Test -S
############################################################
echo " map.t35..\c"
echo \
"chr1 0 10 a1 10 - a1
chr2 10 20 a7 2 + .
chr3 120 130 a9 4 - a8" > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values.bed -c 4 -o collapse -S > obs
check obs exp
###########################################################
# Test -f 0.1
############################################################
echo " map.t36..\c"
echo \
"chr1 0 10 a1 10 - a1
chr2 10 20 a7 2 + .
chr3 120 130 a9 4 - a8" > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values5.bed -c 4 -o collapse -f 0.1 > obs
check obs exp
###########################################################
# Test -f 0.7
############################################################
echo " map.t37..\c"
echo \
"chr1 0 10 a1 10 - .
chr2 10 20 a7 2 + .
chr3 120 130 a9 4 - a8" > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values5.bed -c 4 -o collapse -f 0.7 > obs
check obs exp
###########################################################
# Test -f 0.9
############################################################
echo " map.t38..\c"
echo \
"chr1 0 10 a1 10 - .
chr2 10 20 a7 2 + .
chr3 120 130 a9 4 - ." > exp
$BT map -a ivls2.bed -b values5.bed -c 4 -o collapse -f 0.9 > obs
check obs exp
###########################################################
# Test -g
############################################################
echo " map.t39..\c"
echo \
"chr1 10 20 chr1
chr2 10 20 chr2
chr2 200 300 .
chr10 10 20 chr10
chr10 20 30 ." > exp
$BT map -a a.vsorted.bed -b b.vsorted.bed -c 1 -o collapse > obs
check obs exp
###########################################################
# Test -g
############################################################
echo " map.t40..\c"
echo \
"chr1 10 20 chr1
chr2 10 20 chr2
chr2 200 300 .
chr10 10 20 chr10
chr10 20 30 ." > exp
$BT map -g genome -a a.vsorted.bed -b b.vsorted.bed -c 1 -o collapse > obs
check obs exp
###########################################################
# Test invalid column
############################################################
echo " map.t41..\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: Requested column 41, but database file test.vcf only has fields 1 - 12." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 41 -o collapse 2>&1 > /dev/null | head -3> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test invalid column
############################################################
echo " map.t42..\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: Requested column -1, but database file test.vcf only has fields 1 - 12." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c -1 -o collapse 2>&1 > /dev/null | head -3> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test invalid column
############################################################
echo " map.t43..\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: Requested column 0, but database file test.vcf only has fields 1 - 12." > exp
$BT map -a ivls.bed -b test.vcf -c 0 -o collapse 2>&1 > /dev/null | head -3> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
#
# DEPRECATED
# Test that Bam database is not allowed
############################################################
echo " map.t44...\c"
#echo -e "\n*****\n***** ERROR: BAM database file not currently supported for column operations." > exp
#$BT map -a ivls.bed -b values.bam 2> obs
#check obs exp
#rm obs exp
echo ok
###########################################################
# Test that -split option works correctly
############################################################
echo " map.t45...\c"
echo "chr1 0 50 three_blocks_match 15 + 0 0 0 3 10,10,10, 0,20,40, ." > exp
$BT map -o sum -a three_blocks_match.bed -b three_blocks_nomatch.bed -split > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
#
#
# Tests for multiple columns and operations
#
#
############################################################
###########################################################
# Test that error is given when ops outnumber columns
############################################################
echo " map.t46...\c"
echo \
"chr1 0 100 3 30
chr1 100 200 1 1
chr2 0 100 0 .
chr2 100 200 0 .
chr3 0 100 3 6
chr3 100 200 1 4" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -o count,sum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test that error is given when columns outnumber ops,
# if there are two or more ops.
############################################################
echo " map.t47...\c"
echo \
"
*****
***** ERROR: There are 3 columns given, but there are 2 operations." > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -c 5,1,2 -o count,sum 2>&1 > /dev/null | head -3 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test that numeric ops for non-numeric columns are
# allowed, but give a warning
############################################################
echo " map.t48...\c"
echo \
" ***** WARNING: Non numeric value chr1 in 1.
***** WARNING: Non numeric value chr1 in 1.
***** WARNING: Non numeric value chr3 in 1.
***** WARNING: Non numeric value chr3 in 1." > exp
$BT map -a ivls.bed -b values.bed -c 1 -o sum 2>&1 > /dev/null | cat - > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test that multiple columns are allowed with a
# single operation
############################################################
echo " map.t49...\c"
echo \
"chr1 0 100 65 9
chr1 100 200 1 7
chr2 0 100 . .
chr2 100 200 . .
chr3 0 100 6 7
chr3 100 200 8 23" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 5,7 -o sum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test that multiple columns are allowed with an
# equal number of ops that aren't all the same
############################################################
echo " map.t50...\c"
echo \
"chr1 0 100 13.5 65 9
chr1 100 200 120 1 7
chr2 0 100 . . .
chr2 100 200 . . .
chr3 0 100 10 6 7
chr3 100 200 120 8 23" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 2,5,7 -o mean,sum,sum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test stddev
############################################################
echo " map.t51...\c"
echo \
"chr1 0 100 12.91666667
chr1 100 200 0
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 76.22222222
chr3 100 200 0.25" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o stddev > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test sample_stddev
############################################################
echo " map.t52...\c"
echo \
"chr1 0 100 15.5
chr1 100 200 .
chr2 0 100 .
chr2 100 200 .
chr3 0 100 114.3333333
chr3 100 200 0.5" > exp
$BT map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o sample_stddev > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test BAM file as DB
############################################################
echo " map.t53...\c"
echo \
"chr1 10000 12000 2.5
chr1 15000 20000 11.44444444" > exp
$BT map -a d.bed -b fullFields.bam -c 5 -o mean > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Bug 262: Test stranded map with BedPlus records.
# -s (lowercase) should give results
############################################################
echo " map.t54...\c"
echo \
"1 3215742 3216021 . 0 - 1
1 3217007 3218115 . 0 - 1" > exp
$BT map -a bug262_a.bed -b bug262_b.bed -s > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Bug 262: Test stranded map with BedPlus records.
# -S (uppercase) should NOT give results
############################################################
echo " map.t55...\c"
echo \
"1 3215742 3216021 . 0 - .
1 3217007 3218115 . 0 - ." > exp
$BT map -a bug262_a.bed -b bug262_b.bed -S > obs
check exp obs
rm exp obs
|