/usr/share/bedtools/test/expand/test-expand.sh is in bedtools-test 2.25.0-1.
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BT=${BT-../../bin/bedtools}
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
return 1
else
echo fail
return 0
fi
}
# cat in.bed
#chr1 10 20 1,2,3 10,20,30
#chr1 40 50 4,5,6 40,50,60
###########################################################
# expand one column
###########################################################
echo " expand.t1...\c"
echo \
"chr1 10 20 1 10,20,30
chr1 10 20 2 10,20,30
chr1 10 20 3 10,20,30
chr1 40 50 4 40,50,60
chr1 40 50 5 40,50,60
chr1 40 50 6 40,50,60" > exp
$BT expand -i expand.txt -c 4 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# expand multiple columns
###########################################################
echo " expand.t2...\c"
echo \
"chr1 10 20 1 10
chr1 10 20 2 20
chr1 10 20 3 30
chr1 40 50 4 40
chr1 40 50 5 50
chr1 40 50 6 60" > exp
$BT expand -i expand.txt -c 4,5 > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# expand multiple columns while switching order
###########################################################
echo " expand.t3...\c"
echo \
"chr1 10 20 10 1
chr1 10 20 20 2
chr1 10 20 30 3
chr1 40 50 40 4
chr1 40 50 50 5
chr1 40 50 60 6" > exp
$BT expand -i expand.txt -c 5,4 > obs
check obs exp
rm obs exp
|