/usr/share/bedtools/test/bed12tobed6/test-bed12tobed6.sh is in bedtools-test 2.25.0-1.
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BT=${BT-../../bin/bedtools}
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
else
echo fail
fi
}
##################################################################
# Test one block
##################################################################
echo " bed12tobed6.t1...\c"
echo \
"chr1 0 50 one_blocks_match 0 +" > exp
$BT bed12tobed6 -i one_blocks.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test two blocks
##################################################################
echo " bed12tobed6.t2...\c"
echo \
"chr1 0 10 two_blocks_match 0 +
chr1 40 50 two_blocks_match 0 +" > exp
$BT bed12tobed6 -i two_blocks.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test three blocks
##################################################################
echo " bed12tobed6.t3...\c"
echo \
"chr1 0 10 three_blocks_match 0 +
chr1 20 30 three_blocks_match 0 +
chr1 40 50 three_blocks_match 0 +" > exp
$BT bed12tobed6 -i three_blocks.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test three blocks and add block numbers
##################################################################
echo " bed12tobed6.t4...\c"
echo \
"chr1 0 10 three_blocks_match 1 +
chr1 20 30 three_blocks_match 2 +
chr1 40 50 three_blocks_match 3 +" > exp
$BT bed12tobed6 -i three_blocks.bed -n > obs
check obs exp
rm obs exp
##################################################################
# Test three blocks and add block numbers. Test reverse strand
##################################################################
echo " bed12tobed6.t5...\c"
echo \
"chr1 0 10 three_blocks_match 3 -
chr1 20 30 three_blocks_match 2 -
chr1 40 50 three_blocks_match 1 -" > exp
sed -e 's/\+/\-/' three_blocks.bed | $BT bed12tobed6 -n > obs
check obs exp
rm obs exp
|