bedtools-test 2.25.0-1 / usr / share / bedtools / test / bamtobed / test-bamtobed.sh

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/usr/share/bedtools/test/bamtobed/test-bamtobed.sh is in bedtools-test 2.25.0-1.

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#!/bin/bash
BT=${BT-../../bin/bedtools}

check()
{
	if diff $1 $2; then
    	echo ok
	else
    	echo fail
	fi
}

###########################################################
###########################################################
#                       BAM files                         #
###########################################################
###########################################################
samtools view -Sb one_block.sam > one_block.bam 2>/dev/null
samtools view -Sb two_blocks.sam > two_blocks.bam 2>/dev/null
samtools view -Sb three_blocks.sam > three_blocks.bam 2>/dev/null
samtools view -Sb sam-w-del.sam > sam-w-del.bam 2>/dev/null
samtools view -Sb two_blocks_w_D.sam > two_blocks_w_D.bam 2>/dev/null


##################################################################
#  Test one block without -split
##################################################################
echo "    bamtobed.t1...\c"
echo \
"chr1	0	30	one_blocks	40	-" > exp
$BT bamtobed -i one_block.bam > obs
check obs exp
rm obs exp


##################################################################
#  Test one block with -split
##################################################################
echo "    bamtobed.t2...\c"
echo \
"chr1	0	30	one_blocks	40	-" > exp
$BT bamtobed -i one_block.bam -split > obs
check obs exp
rm obs exp


##################################################################
#  Test two blocks without -split
##################################################################
echo "    bamtobed.t3...\c"
echo \
"chr1	0	40	two_blocks	40	-" > exp
$BT bamtobed -i two_blocks.bam > obs
check obs exp
rm obs exp


##################################################################
#  Test two blocks with -split
##################################################################
echo "    bamtobed.t4...\c"
echo \
"chr1	0	15	two_blocks	40	-
chr1	25	40	two_blocks	40	-" > exp
$BT bamtobed -i two_blocks.bam -split > obs
check obs exp
rm obs exp


##################################################################
#  Test three blocks without -split
##################################################################
echo "    bamtobed.t5...\c"
echo \
"chr1	0	50	three_blocks	40	-" > exp
$BT bamtobed -i three_blocks.bam > obs
check obs exp
rm obs exp


##################################################################
#  Test three blocks with -split
##################################################################
echo "    bamtobed.t6...\c"
echo \
"chr1	0	10	three_blocks	40	-
chr1	20	30	three_blocks	40	-
chr1	40	50	three_blocks	40	-" > exp
$BT bamtobed -i three_blocks.bam -split > obs
check obs exp
rm obs exp


##################################################################
#  Test three blocks with -bed12
##################################################################
echo "    bamtobed.t7...\c"
echo \
"chr1	0	50	three_blocks	40	-	0	50	255,0,0	3	10,10,10	0,20,40" > exp
$BT bamtobed -i three_blocks.bam -bed12 > obs
check obs exp
rm obs exp


##################################################################
#  Ensure that both ways of getting blocks from a spliced alignment
# are indenticsl
##################################################################
echo "    bamtobed.t8...\c"
$BT bamtobed -i three_blocks.bam -split > split
$BT bamtobed -i three_blocks.bam -bed12 |  $BT bed12tobed6 > bed12
check split bed12
rm split bed12

##################################################################
# Test an alignment with a D operator and N operator -split option
##################################################################
echo "    bamtobed.t9...\c"
echo \
"chr1	0	15	two_blocks_1_1/2	40	+
chr1	25	40	two_blocks_1_1/2	40	+
chr1	99	129	two_blocks_1_2/1	40	+
chr1	0	15	two_blocks_2_1/2	40	+
chr1	25	42	two_blocks_2_1/2	40	+
chr1	99	129	two_blocks_2_2/1	40	+" > exp
$BT bamtobed -i two_blocks_w_D.bam -split > obs
check exp obs
rm exp obs


##################################################################
# Test an alignment with a D operator and N operator -splitD option
##################################################################
echo "    bamtobed.t10...\c"
echo \
"chr1	0	15	two_blocks_1_1/2	40	+
chr1	25	40	two_blocks_1_1/2	40	+
chr1	99	129	two_blocks_1_2/1	40	+
chr1	0	15	two_blocks_2_1/2	40	+
chr1	25	35	two_blocks_2_1/2	40	+
chr1	37	42	two_blocks_2_1/2	40	+
chr1	99	129	two_blocks_2_2/1	40	+" > exp
$BT bamtobed -i two_blocks_w_D.bam -splitD > obs
check exp obs
rm exp obs


##################################################################
# Test an alignment with a D operator and N operator -bed12 option
##################################################################
echo "    bamtobed.t9...\c"
echo \
"chr1	0	40	two_blocks_1_1/2	40	+	0	40	255,0,0	2	15,15	0,25
chr1	99	129	two_blocks_1_2/1	40	+	99	129	255,0,0	1	30	0
chr1	0	42	two_blocks_2_1/2	40	+	0	42	255,0,0	2	15,17	0,25
chr1	99	129	two_blocks_2_2/1	40	+	99	129	255,0,0	1	30	0" > exp
$BT bamtobed -i two_blocks_w_D.bam -bed12 > obs
check exp obs
rm exp obs


##################################################################
# Test an alignment with a D operator and N operator -bed12 option
##################################################################
echo "    bamtobed.t11...\c"
echo \
"chr1	0	40	two_blocks_1_1/2	40	+	0	40	255,0,0	2	15,15	0,25
chr1	99	129	two_blocks_1_2/1	40	+	99	129	255,0,0	1	30	0
chr1	0	42	two_blocks_2_1/2	40	+	0	42	255,0,0	3	15,10,5	0,25,37
chr1	99	129	two_blocks_2_2/1	40	+	99	129	255,0,0	1	30	0" > exp
$BT bamtobed -i two_blocks_w_D.bam -bed12 -splitD > obs

check exp obs
rm exp obs


rm *.bam

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