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<xsl:stylesheet version="1.0" xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform">
<xsl:output method="html"/>
<xsl:key name="is-as" match="term" use="is_a"/>
<xsl:key name="part-ofs" match="term" use="relationship/to"/>
<xsl:key name="terms" match="term" use="id"/>
<xsl:template match="/">
<xsl:element name="html">
<xsl:element name="body">
<xsl:element name="link">
<xsl:attribute name="href">ontology_html.css</xsl:attribute>
<xsl:attribute name="rel">stylesheet</xsl:attribute>
<xsl:attribute name="type">text/css</xsl:attribute>
</xsl:element>
<xsl:element name="pre">!type: % is_a is a
!type: < part_of Part of</xsl:element>
<xsl:apply-templates mode="first" select="obo/term[1]"/>
</xsl:element>
</xsl:element>
</xsl:template>
<xsl:template match="term" mode="first">
<ul class="first">
<li class="first">
<xsl:text>$</xsl:text>
<xsl:value-of select="name"/>
<xsl:text> ; </xsl:text>
<xsl:value-of select="id"/>
<xsl:variable name="current_id" select="id"/>
<xsl:apply-templates
mode="not-first"
select="key('part-ofs', id)">
<xsl:with-param name="rel_type">part-of</xsl:with-param>
</xsl:apply-templates>
<xsl:apply-templates
mode="not-first"
select="key('is-as', id)">
<xsl:with-param name="rel_type">is_a</xsl:with-param>
</xsl:apply-templates>
</li>
</ul>
</xsl:template>
<xsl:template match="term" mode="not-first">
<xsl:param name="parent_id"><xsl:value-of select="/obo/term[1]/id"/></xsl:param>
<xsl:param name="rel_type"/>
<ul>
<li>
<xsl:choose>
<xsl:when test="$rel_type = 'part-of'">
<xsl:text>%</xsl:text>
</xsl:when>
<xsl:when test="$rel_type = 'is_a'">
<xsl:text><</xsl:text>
</xsl:when>
</xsl:choose>
<xsl:apply-templates
select="."
mode="term">
<xsl:with-param name="parent_id"><xsl:value-of select="$parent_id"/></xsl:with-param>
</xsl:apply-templates>
<xsl:apply-templates
mode="not-first"
select="key('is-as', id)">
<xsl:with-param name="parent_id"><xsl:value-of select="id"/></xsl:with-param>
<xsl:with-param name="rel_type">part-of</xsl:with-param>
</xsl:apply-templates>
<xsl:apply-templates
mode="not-first"
select="key('part-ofs', id)">
<xsl:with-param name="parent_id"><xsl:value-of select="id"/></xsl:with-param>
<xsl:with-param name="rel_type">part-of</xsl:with-param>
</xsl:apply-templates>
</li>
</ul>
</xsl:template>
<xsl:template match="term" name="term" mode="term">
<xsl:param name="parent_id"><xsl:value-of select="/obo/term[1]/id"/></xsl:param>
<xsl:element name="a">
<xsl:attribute name="id">
<xsl:value-of select="id"/>
</xsl:attribute>
<xsl:value-of select="name"/>
<xsl:text> ; </xsl:text>
<xsl:value-of select="id"/>
</xsl:element>
<xsl:apply-templates select="synonym"/>
<xsl:apply-templates mode="parents" select="relationship[to != $parent_id]"/>
<xsl:apply-templates mode="parents" select="is_a[text() != $parent_id]"/>
</xsl:template>
<xsl:template match="relationship" mode="parents">
<xsl:text> < </xsl:text>
<xsl:apply-templates
mode="draw-parent"
select="key('terms', to)"/>
<xsl:value-of select="to"/>
</xsl:template>
<xsl:template match="is_a" mode="parents">
<xsl:text> % </xsl:text>
<xsl:apply-templates
mode="draw-parent"
select="key('terms', .)"/>
<xsl:value-of select="."/>
</xsl:template>
<xsl:template match="term" mode="draw-parent">
<xsl:element name="a">
<xsl:attribute name="href">#<xsl:value-of select="id"/></xsl:attribute>
<xsl:value-of select="name"/>
</xsl:element>
<xsl:text> ; </xsl:text>
</xsl:template>
<xsl:template match="synonym">
<xsl:text> ; synonym:</xsl:text>
<xsl:value-of select="synonym_text"/>
</xsl:template>
<xsl:template match="text()|@*">
</xsl:template>
</xsl:stylesheet>
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