/usr/lib/emboss/include/enstranscript.h is in emboss-lib 6.6.0-1.
This file is owned by root:root, with mode 0o644.
The actual contents of the file can be viewed below.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 | /* @include enstranscript *****************************************************
**
** Ensembl Transcript functions
**
** @author Copyright (C) 1999 Ensembl Developers
** @author Copyright (C) 2006 Michael K. Schuster
** @version $Revision: 1.38 $
** @modified 2009 by Alan Bleasby for incorporation into EMBOSS core
** @modified $Date: 2013/02/17 13:09:28 $ by $Author: mks $
** @@
**
** This library is free software; you can redistribute it and/or
** modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
** License as published by the Free Software Foundation; either
** version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
**
** This library is distributed in the hope that it will be useful,
** but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
** MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
** Lesser General Public License for more details.
**
** You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
** License along with this library; if not, write to the Free Software
** Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston,
** MA 02110-1301, USA.
**
******************************************************************************/
#ifndef ENSTRANSCRIPT_H
#define ENSTRANSCRIPT_H
/* ========================================================================= */
/* ============================= include files ============================= */
/* ========================================================================= */
#include "ensdata.h"
AJ_BEGIN_DECLS
/* ========================================================================= */
/* =============================== constants =============================== */
/* ========================================================================= */
/* ========================================================================= */
/* ============================== public data ============================== */
/* ========================================================================= */
/* ========================================================================= */
/* =========================== public functions ============================ */
/* ========================================================================= */
/*
** Prototype definitions
*/
/* Ensembl Transcript */
EnsPTranscript ensTranscriptNewCpy(const EnsPTranscript transcript);
EnsPTranscript ensTranscriptNewIni(EnsPTranscriptadaptor tca,
ajuint identifier,
EnsPFeature feature,
EnsPDatabaseentry displaydbe,
AjPStr description,
AjPStr biotype,
EnsETranscriptStatus status,
AjBool current,
AjPStr stableid,
ajuint version,
AjPStr cdate,
AjPStr mdate,
AjPList exons);
EnsPTranscript ensTranscriptNewRef(EnsPTranscript transcript);
AjBool ensTranscriptClearIntronsupportingevidences(EnsPTranscript transcript);
void ensTranscriptDel(EnsPTranscript *Ptranscript);
EnsPTranscriptadaptor ensTranscriptGetAdaptor(const EnsPTranscript transcript);
AjPStr ensTranscriptGetBiotype(const EnsPTranscript transcript);
const AjBool* ensTranscriptGetCanonical(const EnsPTranscript transcript);
AjBool ensTranscriptGetCurrent(const EnsPTranscript transcript);
AjPStr ensTranscriptGetDateCreation(const EnsPTranscript transcript);
AjPStr ensTranscriptGetDateModification(const EnsPTranscript transcript);
AjPStr ensTranscriptGetDescription(const EnsPTranscript transcript);
EnsPDatabaseentry ensTranscriptGetDisplayreference(
const EnsPTranscript transcript);
EnsPFeature ensTranscriptGetFeature(const EnsPTranscript transcript);
ajuint ensTranscriptGetGeneidentifier(const EnsPTranscript transcript);
ajuint ensTranscriptGetIdentifier(const EnsPTranscript transcript);
AjBool ensTranscriptGetSequenceedits(const EnsPTranscript transcript);
AjPStr ensTranscriptGetStableidentifier(const EnsPTranscript transcript);
EnsETranscriptStatus ensTranscriptGetStatus(const EnsPTranscript transcript);
ajuint ensTranscriptGetVersion(const EnsPTranscript transcript);
const AjPList ensTranscriptLoadAlternativetranslations(
EnsPTranscript transcript);
const AjPList ensTranscriptLoadAttributes(
EnsPTranscript transcript);
const AjBool* ensTranscriptLoadCanonical(
EnsPTranscript transcript);
const AjPList ensTranscriptLoadDatabaseentries(
EnsPTranscript transcript);
const AjPList ensTranscriptLoadExons(
EnsPTranscript transcript);
const AjPList ensTranscriptLoadIntronsupportingevidences(
EnsPTranscript transcript);
const AjPList ensTranscriptLoadSupportingfeatures(
EnsPTranscript transcript);
EnsPTranslation ensTranscriptLoadTranslation(
EnsPTranscript transcript);
AjBool ensTranscriptSetAdaptor(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranscriptadaptor tca);
AjBool ensTranscriptSetBiotype(EnsPTranscript transcript,
AjPStr biotype);
AjBool ensTranscriptSetCanonical(EnsPTranscript transcript,
AjBool canonical);
AjBool ensTranscriptSetCurrent(EnsPTranscript transcript,
AjBool current);
AjBool ensTranscriptSetDateCreation(EnsPTranscript transcript,
AjPStr cdate);
AjBool ensTranscriptSetDateModification(EnsPTranscript transcript,
AjPStr mdate);
AjBool ensTranscriptSetDescription(EnsPTranscript transcript,
AjPStr description);
AjBool ensTranscriptSetDisplayreference(EnsPTranscript transcript,
EnsPDatabaseentry displaydbe);
AjBool ensTranscriptSetFeature(EnsPTranscript transcript,
EnsPFeature feature);
AjBool ensTranscriptSetGeneidentifier(EnsPTranscript transcript,
ajuint geneid);
AjBool ensTranscriptSetIdentifier(EnsPTranscript transcript,
ajuint identifier);
AjBool ensTranscriptSetSequenceedits(EnsPTranscript transcript,
AjBool enablese);
AjBool ensTranscriptSetStableidentifier(EnsPTranscript transcript,
AjPStr stableid);
AjBool ensTranscriptSetStatus(EnsPTranscript transcript,
EnsETranscriptStatus status);
AjBool ensTranscriptSetTranslation(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation);
AjBool ensTranscriptSetVersion(EnsPTranscript transcript,
ajuint version);
AjBool ensTranscriptAddAlternativetranslation(
EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation);
AjBool ensTranscriptAddAttribute(
EnsPTranscript transcript,
EnsPAttribute attribute);
AjBool ensTranscriptAddDatabaseentry(
EnsPTranscript transcript,
EnsPDatabaseentry dbe);
AjBool ensTranscriptAddExon(
EnsPTranscript transcript,
EnsPExon exon,
ajint rank);
AjBool ensTranscriptAddIntronsupportingevidence(
EnsPTranscript transcript,
EnsPIntronsupportingevidence ise);
AjBool ensTranscriptTrace(const EnsPTranscript transcript, ajuint level);
AjBool ensTranscriptCalculateCoordinates(EnsPTranscript transcript);
ajuint ensTranscriptCalculateLength(EnsPTranscript transcript);
size_t ensTranscriptCalculateMemsize(const EnsPTranscript transcript);
ajint ensTranscriptCalculatePhaseStart(EnsPTranscript transcript);
ajint ensTranscriptCalculateSliceCodingEnd(
EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation);
ajint ensTranscriptCalculateSliceCodingStart(
EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation);
ajuint ensTranscriptCalculateTranscriptCodingEnd(
EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation);
ajuint ensTranscriptCalculateTranscriptCodingStart(
EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation);
EnsETranscriptStatus ensTranscriptStatusFromStr(const AjPStr status);
const char *ensTranscriptStatusToChar(EnsETranscriptStatus status);
AjBool ensTranscriptSimilarity(EnsPTranscript transcript1,
EnsPTranscript transcript2);
EnsPTranscript ensTranscriptTransfer(EnsPTranscript transcript,
EnsPSlice slice);
EnsPTranscript ensTranscriptTransform(EnsPTranscript transcript,
const AjPStr csname,
const AjPStr csversion);
AjBool ensTranscriptFetchAllAttributes(EnsPTranscript transcript,
const AjPStr code,
AjPList attributes);
AjBool ensTranscriptFetchAllConstitutiveexons(EnsPTranscript transcript,
AjPList exons);
AjBool ensTranscriptFetchAllDatabaseentries(EnsPTranscript transcript,
const AjPStr name,
EnsEExternaldatabaseType type,
AjPList dbes);
AjBool ensTranscriptFetchAllIntrons(EnsPTranscript transcript,
AjPList introns);
AjBool ensTranscriptFetchAllSequenceedits(EnsPTranscript transcript,
AjPList ses);
AjBool ensTranscriptFetchDisplayidentifier(const EnsPTranscript transcript,
AjPStr *Pidentifier);
AjBool ensTranscriptFetchFeatureUtrfive(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
EnsPFeature *Pfeature);
AjBool ensTranscriptFetchFeatureUtrthree(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
EnsPFeature *Pfeature);
AjBool ensTranscriptFetchGene(const EnsPTranscript transcript,
EnsPGene *Pgene);
AjBool ensTranscriptFetchSequenceCodingStr(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
AjPStr *Psequence);
AjBool ensTranscriptFetchSequenceTranscriptSeq(EnsPTranscript transcript,
AjPSeq *Psequence);
AjBool ensTranscriptFetchSequenceTranscriptStr(EnsPTranscript transcript,
AjPStr *Psequence);
AjBool ensTranscriptFetchSequenceTranslationSeq(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
AjPSeq *Psequence);
AjBool ensTranscriptFetchSequenceTranslationStr(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
AjPStr *Psequence);
AjBool ensTranscriptFetchSequenceUtrfiveStr(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
AjPStr *Psequence);
AjBool ensTranscriptFetchSequenceUtrthreeStr(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
AjPStr *Psequence);
AjBool ensTranscriptMapperInit(EnsPTranscript transcript, AjBool force);
AjBool ensTranscriptMapperCodingToslice(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
ajint start,
ajint end,
AjPList mrs);
AjBool ensTranscriptMapperSliceTocoding(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
ajint start,
ajint end,
ajint strand,
AjPList mrs);
AjBool ensTranscriptMapperSliceTotranscript(EnsPTranscript transcript,
ajint start,
ajint end,
ajint strand,
AjPList mrs);
AjBool ensTranscriptMapperSliceTotranslation(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
ajint start,
ajint end,
ajint strand,
AjPList mrs);
AjBool ensTranscriptMapperTranscriptToslice(EnsPTranscript transcript,
ajuint start,
ajuint end,
AjPList mrs);
AjBool ensTranscriptMapperTranslationToslice(EnsPTranscript transcript,
EnsPTranslation translation,
ajuint start,
ajuint end,
AjPList mrs);
/* AJAX LIst of Ensembl Transcript objects */
AjBool ensListTranscriptSortEndAscending(AjPList transcripts);
AjBool ensListTranscriptSortEndDescending(AjPList transcripts);
AjBool ensListTranscriptSortIdentifierAscending(AjPList transcripts);
AjBool ensListTranscriptSortStartAscending(AjPList transcripts);
AjBool ensListTranscriptSortStartDescending(AjPList transcripts);
AjBool ensSequenceAddFeatureTranscript(AjPSeq seq,
EnsPTranscript transcript,
AjPFeature *Pfeature);
/* Ensembl Transcript Adaptor */
EnsPTranscriptadaptor ensRegistryGetTranscriptadaptor(
EnsPDatabaseadaptor dba);
EnsPTranscriptadaptor ensTranscriptadaptorNew(
EnsPDatabaseadaptor dba);
void ensTranscriptadaptorDel(EnsPTranscriptadaptor *Ptca);
EnsPBaseadaptor ensTranscriptadaptorGetBaseadaptor(
EnsPTranscriptadaptor tca);
EnsPDatabaseadaptor ensTranscriptadaptorGetDatabaseadaptor(
EnsPTranscriptadaptor tca);
EnsPFeatureadaptor ensTranscriptadaptorGetFeatureadaptor(
EnsPTranscriptadaptor tca);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAll(
EnsPTranscriptadaptor tca,
AjPList transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAllbyBiotype(
EnsPTranscriptadaptor tca,
const AjPStr biotype,
AjPList transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAllbyExonidentifier(
EnsPTranscriptadaptor tca,
ajuint identifier,
AjPList transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAllbyExonstableidentifier(
EnsPTranscriptadaptor tca,
const AjPStr stableid,
AjPList transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAllbyExternaldatabasename(
EnsPTranscriptadaptor tca,
const AjPStr dbname,
AjPList transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAllbyExternalname(
EnsPTranscriptadaptor tca,
const AjPStr name,
const AjPStr dbname,
AjBool override,
AjPList transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAllbyGene(
EnsPTranscriptadaptor tca,
EnsPGene gene,
AjPList transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAllbyIdentifiers(
EnsPTranscriptadaptor tca,
AjPTable transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAllbySlice(
EnsPTranscriptadaptor tca,
EnsPSlice slice,
const AjPStr anname,
const AjPStr constraint,
AjBool loadexons,
AjPList transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchAllbyStableidentifier(
EnsPTranscriptadaptor tca,
const AjPStr stableid,
AjPList transcripts);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchByDisplaylabel(
EnsPTranscriptadaptor tca,
const AjPStr label,
EnsPTranscript *Ptranscript);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchByIdentifier(
EnsPTranscriptadaptor tca,
ajuint identifier,
EnsPTranscript *Ptranscript);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchByStableidentifier(
EnsPTranscriptadaptor tca,
const AjPStr stableid,
ajuint version,
EnsPTranscript *Ptranscript);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchByTranslationidentifier(
EnsPTranscriptadaptor tca,
ajuint identifier,
EnsPTranscript *Ptranscript);
AjBool ensTranscriptadaptorFetchByTranslationstableidentifier(
EnsPTranscriptadaptor tca,
const AjPStr stableid,
EnsPTranscript *Ptranscript);
AjBool ensTranscriptadaptorRetrieveAllIdentifiers(
EnsPTranscriptadaptor tca,
AjPList identifiers);
AjBool ensTranscriptadaptorRetrieveAllStableidentifiers(
EnsPTranscriptadaptor tca,
AjPList stableids);
AjBool ensTranscriptadaptorRetrieveCanonical(
EnsPTranscriptadaptor tca,
EnsPTranscript transcript,
AjBool *Pcanonical);
/*
** End of prototype definitions
*/
AJ_END_DECLS
#endif /* !ENSTRANSCRIPT_H */
|