/usr/lib/perl5/ALTree/to_rewrite.pm is in altree 1.3.1-1.
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use strict;
use diagnostics;
use warnings;
use ALTree::Chi2 ();
use ALTree::Import;
use ALTree::Utils qw(erreur);
use ALTree::Input qw(PrepareTree);
#use Newchi2treeUtils;
use Math::TamuAnova;
sub parcours_nosplit_chi2split
{
my($tabnodes_a_traiter)=shift;
my($prolonge)=shift;
my($splitmode)=shift;
my($node_ecriture)=shift;
my($sign_util)=shift; # vaut 1 si on a besoin de la significativité, 0 sinon
my($node, $child, @tab_noeuds_suivants);
my($val)=0;
my($test, $p_val);
my($test_results);
$test_results->{"ddl"}=scalar(@{$tabnodes_a_traiter})-1; # Nb branches -1
# $test n'est valable que si $sign_util est à YES
($p_val, $test)=CalculChi2($tabnodes_a_traiter, $test_results->{"ddl"},
$test_results, $sign_util );
$test_results->{"node_teste"}=$node_ecriture;
push (@{$node_ecriture->{"res_test"}}, $test_results);
$test_results->{"level"}=scalar(@{$node_ecriture->{"res_test"}})-1;
if ($sign_util== SignUtil::YES && $test==1 && $splitmode == SplitMode::CHI2SPLIT) { # sign et que on on est en chi2split
foreach $node (@{$tabnodes_a_traiter}) {
if (NbFils($node) != 0) {
my @children=$node->GetChildrenList();
parcours_nosplit_chi2split(\@children,
$prolonge, $splitmode, $node);
}
}
} elsif ($sign_util== SignUtil::NO || $test==0 || $splitmode == SplitMode::NOSPLIT) { # ou alors on est en nosplit
foreach $node (@{$tabnodes_a_traiter}) {
if (NbFils($node) != 0) {
$val=1;
foreach $child ($node->GetChildrenList()) {
push (@tab_noeuds_suivants, $child);
}
} else {
if ($prolonge == 1) {
push (@tab_noeuds_suivants, $node);
}
}
}
if ($val==1) {
parcours_nosplit_chi2split(\@tab_noeuds_suivants,
$prolonge, $splitmode, $node_ecriture, $sign_util);
} else {
return;
}
}
}
sub ParcoursQuanti
{
my($tabnodes_a_traiter)=shift;
my($prolonge)=shift;
my($splitmode)=shift;
my($node_ecriture)=shift;
my($sign_util)=shift; # vaut 1 si on a besoin de la significativité, 0 sinon
my($node, $child, @tab_noeuds_suivants);
my($val)=0;
my($test, $res_anova);
my($test_results);
# $test_results->{"ddl"}=scalar(@{$tabnodes_a_traiter})-1; # Nb branches -1
my @valeurs;
my @facteurs;
my $i=0;
#DEBUG print STDERR "TTTT ", scalar (@{$tabnodes_a_traiter}), "\n";
foreach $node (@{$tabnodes_a_traiter}) {
$i++;
foreach my $case (@{$node->{"quanti"}}) {
push (@valeurs, $case->[0]);
push (@facteurs, $i);
}
}
my $nb_factors=$i;
$test_results->{"nb_facteurs"}=$nb_factors;
# DEBUG print STDERR "node ";
# for (my $i=0; $i<=$#valeurs; $i++) {
# print STDERR " $valeurs[$i]";
# print STDERR " ($facteurs[$i])";
# }
# print STDERR "\n";
# if ($sign_util==SignUtil::YES) {
($res_anova, $test)=CalculAnovaOneWay($tabnodes_a_traiter, \@valeurs, \@facteurs, $test_results, $sign_util, $nb_factors );
# } elsif ($sign_util==SignUtil::NO) {
# ($res_anova)=CalculAnovaOneWay($tabnodes_a_traiter, \@valeurs, \@facteurs, $test_results, $sign_util, $nb_factors);
# }
$test_results->{"node_teste"}=$node_ecriture;
push (@{$node_ecriture->{"res_test"}}, $test_results);
$test_results->{"level"}=scalar(@{$node_ecriture->{"res_test"}})-1;
if ($sign_util== SignUtil::YES && $test==ALTree::Chi2::SIGNIFICATIF
&& $splitmode == SplitMode::CHI2SPLIT) {
# sign et que on on est en chi2split
foreach $node (@{$tabnodes_a_traiter}) {
if (NbFils($node) != 0) {
my @children=$node->GetChildrenList();
ParcoursQuanti(\@children,
$prolonge, $splitmode, $node);
}
}
} elsif ($sign_util== SignUtil::NO || $test==ALTree::Chi2::NON_SIGNIFICATIF
|| $splitmode == SplitMode::NOSPLIT) {
# ou alors on est en nosplit
foreach $node (@{$tabnodes_a_traiter}) {
if (NbFils($node) != 0) {
$val=1;
foreach $child ($node->GetChildrenList()) {
push (@tab_noeuds_suivants, $child);
}
} else {
if ($prolonge == 1) {
push (@tab_noeuds_suivants, $node);
}
}
}
if ($val==1) {
ParcoursQuanti(\@tab_noeuds_suivants,
$prolonge, $splitmode, $node_ecriture, $sign_util);
} else {
return;
}
} else {
die("Arghhh");
}
}
sub CalculChi2
{
my($tabnodes_a_traiter)=shift;
my($ddl)=shift;
my($test_results)=shift;
my($sign_util)=shift;
return ALTree::CUtils::CalculChi2($tabnodes_a_traiter, $ddl,
$test_results, $sign_util);
}
sub CalculAnovaOneWay
{
my $tabnodes_a_traiter=shift;
my $valeurs=shift;
my $facteurs=shift;
my $test_results =shift;
my $sign_util=shift;
my $nb_factors=shift;
my $significatif=ALTree::Chi2::NON_SIGNIFICATIF;
my $res_anova;
if (scalar (@{$tabnodes_a_traiter}) < 2) {
$test_results->{"texte"}=
"Only one category";
if ($sign_util==SignUtil::YES) {
$significatif=ALTree::Chi2::NON_SIGNIFICATIF;
}
} else {
if (scalar (@{$valeurs}) != scalar (@{$facteurs})) {
erreur("Error in the anova data: the number of values ", scalar @${valeurs}, " and the number of factors ", scalar @{$facteurs}, " should be the same\n");
} else {
$res_anova=Math::TamuAnova::anova($valeurs, $facteurs, $nb_factors);
#DEBUG print STDERR $nb_factors, " ", scalar(@{$valeurs}), "\n";
$test_results->{"F"}=$res_anova->{"F"};
$test_results->{"p_val"}= $res_anova->{"p"};
# $test_results->{"warning"}.=" ($p_value)";
if ($sign_util==SignUtil::YES) {
$significatif = ALTree::Chi2::chi2_fisher_significatif($res_anova->{"p"});
}
}
}
if ($sign_util==SignUtil::YES) {
if ($significatif) {
$test_results->{"sign"}=ALTree::Chi2::SIGNIFICATIF;
#$test_results->{"texte"}.="significatif";
} else {
$test_results->{"sign"}=ALTree::Chi2::NON_SIGNIFICATIF;
# $test_results->{"texte"}.="non significatif";
}
}
return ($res_anova, $significatif);
#DEBUG if (defined ($res_anova)) {
#DEBUG print STDERR "RESANOVA ", $res_anova->{"F"}, " ", $res_anova->{"p"}, "\n";
}
sub InfosAffichees
{
my($node)=shift;
my($mode)=shift;
my($chaine)=Name($node);
my($lbl_test)=0;
my $test;
$chaine.=" (LEVEL: ".$node->{"level"}.")";
if ($mode==1 || $mode == 2) { # Affiche ou pas les case/control
$chaine.=" case/control:".$node->{"case"}."/".$node->{"control"};
}
if ($mode==3 || $mode == 4) {
$chaine.= sprintf " mean:%.2f",$node->GetQuantiMean();
}
if (1) { # affiche les apomorphies
$chaine.="\n";
foreach my $apo ($node->GetApoList()) {
$chaine.= (" Site: ".$apo->GetSiteNb." Sens: ".$apo->GetSensLabel()."\n");
}
}
$chaine.="\n";
if ($mode==1 || $mode == 2) { # affiche ou pas les ddl
if (defined $node->{"res_test"}) {
for $test (@{$node->{"res_test"}}) {
$chaine.= sprintf "[%d] ddl=%d",
$test->{"level"}, $test->{"ddl"};
if ($test->{"ddl"} > 0) {
$chaine.= sprintf " chi2=%.2f p_value_chi2=%.3g",
$test->{"chi2"}, $test->{"p_val"};
# TODO : ça arrive quand on a que des malades ou témoins
# dans les clades...
if (not defined($test->{"chi2"})) {
print "chi2 for ", Name($node),
"(", $test->{"ddl"}, ")", "\n";
}
if (not defined($test->{"p_val"})) {
print "p_val for ", Name($node),
"(", $test->{"ddl"}, ")", "\n";
}
if ($mode ==2) {
if (defined($test->{"sign"})) {
if ($test->{"sign"} == ALTree::Chi2::NON_SIGNIFICATIF) {
$chaine .= " (non significatif)";
} elsif ($test->{"sign"} == ALTree::Chi2::SIGNIFICATIF) {
$chaine .= " (significatif)";
} else {
ALTree::Utils::internal_error("unknown value ".
$test->{"sign"});
}
}
if (defined($test->{"texte"})) {
$chaine .= "\n".$test->{"texte"};
}
if (defined($test->{"warning"})) {
$chaine .= "\n".$test->{"warning"};
}
}
}
$chaine.="\n";
}
}
} elsif ($mode == 3 || $mode ==4) {
if (defined $node->{"res_test"}) {
for $test (@{$node->{"res_test"}}) {
$chaine.= sprintf "[%d] nb_fact=%d",
$test->{"level"}, $test->{"nb_facteurs"};
if ($test->{"nb_facteurs"} > 1) {
$chaine.= sprintf " F=%.2f p_value=%.3g",
$test->{"F"}, $test->{"p_val"};
# TODO : ça arrive quand on a que des malades ou témoins
# dans les clades...
if (not defined($test->{"F"})) {
print "F for ", Name($node),
"(", $test->{"nb_facteurs"}, ")", "\n";
}
if (not defined($test->{"p_val"})) {
print "p_val for ", Name($node),
"(", $test->{"nb_facteurs"}, ")", "\n";
}
if ($mode == 4) {
if (defined($test->{"sign"})) {
if ($test->{"sign"} == ALTree::Chi2::NON_SIGNIFICATIF) {
$chaine .= " (non significatif)";
} elsif ($test->{"sign"} == ALTree::Chi2::SIGNIFICATIF) {
$chaine .= " (significatif)";
} else {
ALTree::Utils::internal_error("unknown value ".
$test->{"sign"});
}
}
if (defined($test->{"texte"})) {
$chaine .= "\n".$test->{"texte"};
}
if (defined($test->{"warning"})) {
$chaine .= "\n".$test->{"warning"};
}
}
}
$chaine.="\n";
}
}
}
return($chaine);
}
1;
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