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; 1,3-di(1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phospho)-sn-glycerol
; Topology generated by analogy with DMPC (1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine).
; The parameters of 2-sn-hydroxyl in the glycerol headgroup are based on threonine.
; The topology is compatible with the HEAVY_H routine.
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
TMCL 3
[ atoms ]
; nr type resnr resid atom cgnr charge mass total_charge
1 CH1 1 TMCL C2 1 0.266 13.0190
#ifdef HEAVY_H
2 OA 1 TMCL O2 1 -0.674 12.9754
3 H 1 TMCL HO2 1 0.408 4.0320 ; 0.000
#else
2 OA 1 TMCL O2 1 -0.674 15.9994
3 H 1 TMCL HO2 1 0.408 1.0080 ; 0.000
#endif
4 CH2 1 TMCL C1 2 0.400 14.0270
5 OA 1 TMCL O1A 2 -0.800 15.9994
6 P 1 TMCL P1 2 1.700 30.9738
7 OM 1 TMCL O1B 2 -0.800 15.9994
8 OM 1 TMCL O1C 2 -0.800 15.9994
9 OA 1 TMCL O1D 2 -0.700 15.9994 ; -1.000
10 CH2 1 TMCL C11 3 0.400 14.0270
11 CH1 1 TMCL C12 3 0.300 13.0190
12 OE 1 TMCL O12 3 -0.700 15.9994
13 C 1 TMCL C12A 3 0.700 12.0110
14 O 1 TMCL O12A 3 -0.700 15.9994 ; 0.000
15 CH2 1 TMCL C12B 4 0.000 14.0270 ; 0.000
16 CH2 1 TMCL C12C 5 0.000 14.0270 ; 0.000
17 CH2 1 TMCL C12D 6 0.000 14.0270 ; 0.000
18 CH2 1 TMCL C12E 7 0.000 14.0270 ; 0.000
19 CH2 1 TMCL C12F 8 0.000 14.0270 ; 0.000
20 CH2 1 TMCL C12G 9 0.000 14.0270 ; 0.000
21 CH2 1 TMCL C12H 10 0.000 14.0270 ; 0.000
22 CH2 1 TMCL C12I 11 0.000 14.0270 ; 0.000
23 CH2 1 TMCL C12J 12 0.000 14.0270 ; 0.000
24 CH2 1 TMCL C12K 13 0.000 14.0270 ; 0.000
25 CH2 1 TMCL C12L 14 0.000 14.0270 ; 0.000
26 CH2 1 TMCL C12M 15 0.000 14.0270 ; 0.000
27 CH3 1 TMCL C12N 16 0.000 15.0350 ; 0.000
28 CH2 1 TMCL C13 17 0.500 14.0270
29 OE 1 TMCL O13 17 -0.700 15.9994
30 C 1 TMCL C13A 17 0.800 12.0110
31 O 1 TMCL O13A 17 -0.600 15.9994 ; 0.000
32 CH2 1 TMCL C13B 18 0.000 14.0270 ; 0.000
33 CH2 1 TMCL C13C 19 0.000 14.0270 ; 0.000
34 CH2 1 TMCL C13D 20 0.000 14.0270 ; 0.000
35 CH2 1 TMCL C13E 21 0.000 14.0270 ; 0.000
36 CH2 1 TMCL C13F 22 0.000 14.0270 ; 0.000
37 CH2 1 TMCL C13G 23 0.000 14.0270 ; 0.000
38 CH2 1 TMCL C13H 24 0.000 14.0270 ; 0.000
39 CH2 1 TMCL C13I 25 0.000 14.0270 ; 0.000
40 CH2 1 TMCL C13J 26 0.000 14.0270 ; 0.000
41 CH2 1 TMCL C13K 27 0.000 14.0270 ; 0.000
42 CH2 1 TMCL C13L 28 0.000 14.0270 ; 0.000
43 CH2 1 TMCL C13M 29 0.000 14.0270 ; 0.000
44 CH3 1 TMCL C13N 30 0.000 15.0350 ; 0.000
45 CH2 1 TMCL C3 31 0.400 14.0270
46 OA 1 TMCL O3A 31 -0.800 15.9994
47 P 1 TMCL P3 31 1.700 30.9738
48 OM 1 TMCL O3B 31 -0.800 15.9994
49 OM 1 TMCL O3C 31 -0.800 15.9994
50 OA 1 TMCL O3D 31 -0.700 15.9994 ; -1.000
51 CH2 1 TMCL C31 32 0.400 14.0270
52 CH1 1 TMCL C32 32 0.300 13.0190
53 OE 1 TMCL O32 32 -0.700 15.9994
54 C 1 TMCL C32A 32 0.700 12.0110
55 O 1 TMCL O32A 32 -0.700 15.9994 ; 0.000
56 CH2 1 TMCL C32B 33 0.000 14.0270 ; 0.000
57 CH2 1 TMCL C32C 34 0.000 14.0270 ; 0.000
58 CH2 1 TMCL C32D 35 0.000 14.0270 ; 0.000
59 CH2 1 TMCL C32E 36 0.000 14.0270 ; 0.000
60 CH2 1 TMCL C32F 37 0.000 14.0270 ; 0.000
61 CH2 1 TMCL C32G 38 0.000 14.0270 ; 0.000
62 CH2 1 TMCL C32H 39 0.000 14.0270 ; 0.000
63 CH2 1 TMCL C32I 40 0.000 14.0270 ; 0.000
64 CH2 1 TMCL C32J 41 0.000 14.0270 ; 0.000
65 CH2 1 TMCL C32K 42 0.000 14.0270 ; 0.000
66 CH2 1 TMCL C32L 43 0.000 14.0270 ; 0.000
67 CH2 1 TMCL C32M 44 0.000 14.0270 ; 0.000
68 CH3 1 TMCL C32N 45 0.000 15.0350 ; 0.000
69 CH2 1 TMCL C33 46 0.500 14.0270
70 OE 1 TMCL O33 46 -0.700 15.9994
71 C 1 TMCL C33A 46 0.800 12.0110
72 O 1 TMCL O33A 46 -0.600 15.9994 ; 0.000
73 CH2 1 TMCL C33B 47 0.000 14.0270 ; 0.000
74 CH2 1 TMCL C33C 48 0.000 14.0270 ; 0.000
75 CH2 1 TMCL C33D 49 0.000 14.0270 ; 0.000
76 CH2 1 TMCL C33E 50 0.000 14.0270 ; 0.000
77 CH2 1 TMCL C33F 51 0.000 14.0270 ; 0.000
78 CH2 1 TMCL C33G 52 0.000 14.0270 ; 0.000
79 CH2 1 TMCL C33H 53 0.000 14.0270 ; 0.000
80 CH2 1 TMCL C33I 54 0.000 14.0270 ; 0.000
81 CH2 1 TMCL C33J 55 0.000 14.0270 ; 0.000
82 CH2 1 TMCL C33K 56 0.000 14.0270 ; 0.000
83 CH2 1 TMCL C33L 57 0.000 14.0270 ; 0.000
84 CH2 1 TMCL C33M 58 0.000 14.0270 ; 0.000
85 CH3 1 TMCL C33N 59 0.000 15.0350 ; 0.000
; total charge of the molecule: -2.000
[ bonds ]
; ai aj funct c0 c1
1 2 2 gb_18 ; 0.1430 8.1800e+06
1 4 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
1 45 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
2 3 2 gb_1 ; 0.1000 15.700e+06
4 5 2 gb_18 ; 0.1430 8.1800e+06
5 6 2 gb_28 ; 0.1610 4.8400e+06
6 7 2 gb_24 ; 0.1480 8.6000e+06
6 8 2 gb_24 ; 0.1480 8.6000e+06
6 9 2 gb_28 ; 0.1610 4.8400e+06
9 10 2 gb_18 ; 0.1430 8.1800e+06
10 11 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
11 12 2 gb_18 ; 0.1430 8.1800e+06
11 28 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
12 13 2 gb_10 ; 0.1330 1.1800e+07
13 14 2 gb_5 ; 0.1230 1.6600e+07
13 15 2 gb_23 ; 0.1480 7.6400e+06
15 16 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
16 17 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
17 18 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
18 19 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
19 20 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
20 21 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
21 22 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
22 23 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
23 24 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
24 25 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
25 26 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
26 27 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
28 29 2 gb_18 ; 0.1430 8.1800e+06
29 30 2 gb_10 ; 0.1330 1.1800e+07
30 31 2 gb_5 ; 0.1230 1.6600e+07
30 32 2 gb_23 ; 0.1480 7.6400e+06
32 33 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
33 34 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
34 35 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
35 36 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
36 37 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
37 38 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
38 39 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
39 40 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
40 41 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
41 42 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
42 43 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
43 44 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
45 46 2 gb_18 ; 0.1430 8.1800e+06
46 47 2 gb_28 ; 0.1610 4.8400e+06
47 48 2 gb_24 ; 0.1480 8.6000e+06
47 49 2 gb_24 ; 0.1480 8.6000e+06
47 50 2 gb_28 ; 0.1610 4.8400e+06
50 51 2 gb_18 ; 0.1430 8.1800e+06
51 52 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
52 53 2 gb_18 ; 0.1430 8.1800e+06
52 69 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
53 54 2 gb_10 ; 0.1330 1.1800e+07
54 55 2 gb_5 ; 0.1230 1.6600e+07
54 56 2 gb_23 ; 0.1480 7.6400e+06
56 57 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
57 58 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
58 59 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
59 60 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
60 61 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
61 62 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
62 63 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
63 64 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
64 65 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
65 66 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
66 67 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
67 68 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
69 70 2 gb_18 ; 0.1430 8.1800e+06
70 71 2 gb_10 ; 0.1330 1.1800e+07
71 72 2 gb_5 ; 0.1230 1.6600e+07
71 73 2 gb_23 ; 0.1480 7.6400e+06
73 74 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
74 75 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
75 76 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
76 77 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
77 78 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
78 79 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
79 80 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
80 81 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
81 82 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
82 83 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
83 84 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
84 85 2 gb_27 ; 0.1530 7.1500e+06
[ pairs ]
; ai aj funct ; all 1-4 pairs but the ones excluded in GROMOS itp
1 6 1
1 47 1
2 5 1
2 46 1
3 4 1
3 45 1
4 7 1
4 8 1
4 9 1
4 46 1
5 10 1
5 45 1
6 11 1
7 10 1
8 10 1
9 12 1
9 28 1
10 13 1
10 29 1
11 14 1
11 15 1
11 30 1
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[ angles ]
; ai aj ak funct angle fc
1 2 3 2 ga_12 ; 109.50 450.00
1 4 5 2 ga_15 ; 111.00 530.00
1 45 46 2 ga_15 ; 111.00 530.00
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2 1 45 2 ga_15 ; 111.00 530.00
4 5 6 2 ga_26 ; 120.00 530.00
5 6 7 2 ga_14 ; 109.60 450.00
5 6 8 2 ga_14 ; 109.60 450.00
5 6 9 2 ga_5 ; 103.00 420.00
6 9 10 2 ga_26 ; 120.00 530.00
7 6 8 2 ga_29 ; 120.00 780.00
7 6 9 2 ga_14 ; 109.60 450.00
8 6 9 2 ga_14 ; 109.60 450.00
9 10 11 2 ga_15 ; 111.00 530.00
10 11 12 2 ga_13 ; 109.50 520.00
10 11 28 2 ga_13 ; 109.50 520.00
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12 11 28 2 ga_13 ; 109.50 520.00
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25 26 27 2 ga_15 ; 111.00 530.00
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33 34 35 2 ga_15 ; 111.00 530.00
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83 84 85 2 ga_15 ; 111.00 530.00
[ dihedrals ]
; GROMOS improper dihedrals
; ai aj ak al funct angle fc
11 12 28 10 2 gi_2 ; 35.26 334.72
13 12 14 15 2 gi_1 ; 0.00 167.36
30 29 31 32 2 gi_1 ; 0.00 167.36
52 53 69 51 2 gi_2 ; 35.26 334.72
54 53 55 56 2 gi_1 ; 0.00 167.36
71 70 72 73 2 gi_1 ; 0.00 167.36
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct ph0 cp mult
1 4 5 6 1 gd_29 ; 0.00 3.77 3
1 45 46 47 1 gd_29 ; 0.00 3.77 3
4 1 2 3 1 gd_23 ; 0.00 1.26 3
4 1 45 46 1 gd_34 ; 0.00 5.92 3
4 5 6 9 1 gd_20 ; 0.00 5.09 2
4 5 6 9 1 gd_27 ; 0.00 3.19 3
5 4 1 45 1 gd_34 ; 0.00 5.92 3
5 6 9 10 1 gd_20 ; 0.00 5.09 2
5 6 9 10 1 gd_27 ; 0.00 3.19 3
6 9 10 11 1 gd_29 ; 0.00 3.77 3
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10 11 28 29 1 gd_34 ; 0.00 5.92 3
11 12 13 15 1 gd_13 ; 180.00 24.00 2
11 28 29 30 1 gd_29 ; 0.00 3.77 3
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#ifdef HEAVY_H
[ constraints ]
; ai aj funct c0 c1
1 3 2
#endif
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