/usr/share/gromacs/top/charmm27.ff/gb.itp is in gromacs-data 2018.1-1.
This file is owned by root:root, with mode 0o644.
The actual contents of the file can be viewed below.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 | [ implicit_genborn_params ]
; Atom type sar st pi gbr hct
NH1 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N
N 0.155 1 1 0.155 0.79 ; Proline backbone N
NP 0.155 1 1 0.155 0.79 ; Proline backbone N for Proline N-terminus
H 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H
CT1 0.180 1 1.276 0.190 0.72 ; C
HB 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
CT3 0.200 1 0.880 0.190 0.72 ; C
HA 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
C 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C
O 0.150 1 0.926 0.148 0.85 ; O
CT2 0.190 1 1.045 0.190 0.72 ; C
NC2 0.160 1 1.215 0.17063 0.79 ; N
HC 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H
CC 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C
CD 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; carbonyl C (in COOH termini)
NH2 0.160 1 1.215 0.17063 0.79 ; N
OC 0.170 1 0.922 0.148 0.85 ; O
OB 0.170 1 0.922 0.148 0.85 ; carbonyl O (in COOH termini)
S 0.180 1 1.121 0.1775 0.96 ; S
SM 0.180 1 1.121 0.1775 0.96 ; disulfide sulfur
HS 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
NR1 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N
CPH1 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C
CPH2 0.180 1 1.073 0.1875 0.72 ; C
HR1 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
HR2 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
NR2 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N
HR3 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H
NR3 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N
NH3 0.160 1 1.215 0.1625 0.79 ; N
HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
CP3 0.190 1 1.045 0.190 0.72 ; C
CP1 0.180 1 1.276 0.190 0.72 ; C
CP2 0.190 1 1.045 0.190 0.72 ; C
OH1 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; O
CY 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C
CA 0.180 1 1.073 0.1875 0.72 ; C
HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
NY 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N
CPT 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C
MNH3 0 0 0 0 0 ; dummy mass
MNH2 0 0 0 0 0 ; dummy mass
MCH3 0 0 0 0 0 ; dummy mass
MCH3S 0 0 0 0 0 ; dummy mass
MW 0 0 0 0 0
|