/usr/share/gromacs/top/oplsaa.ff/gbsa.itp is in gromacs-data 4.5.5-2.
This file is owned by root:root, with mode 0o644.
The actual contents of the file can be viewed below.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 | [ implicit_genborn_params ]
; atype sar st pi gbr hct
opls_102 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N (RNH3+)
opls_135 0.2 1 0.880 0.190 0.72 ; CB
opls_136 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CB
opls_137 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; CB
opls_140 0.1 1 1 0.125 0.85 ; HA
opls_145 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; CG
opls_146 0.1 1 1 0.115 0.85 ; HD2
opls_149 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CB
opls_154 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; OG
opls_155 0.1 1 1 0.105 0.85 ; HG
opls_157 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CB
opls_158 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; CB
opls_166 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; CZ
opls_167 0.15 1 1.080 0.1535 0.85 ; OH
opls_168 0.1 1 1 0.105 0.85 ; HH
opls_200 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; SG
opls_202 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; SD
opls_203 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S
opls_204 0.1 1 1 0.125 0.85 ; HG
opls_206 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CB
opls_209 0.2 1 0.880 0.190 0.72 ; CE
opls_210 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CG
opls_214 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CB
opls_223B 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CA
opls_224B 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; CA
opls_235 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C
opls_236 0.15 1 0.926 0.148 0.85 ; O
opls_237 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; ND2
opls_238 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N
opls_239 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N
opls_240 0.1 1 1 0.115 0.85 ; HD21
opls_241 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H
opls_245 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CD
opls_246 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; CA
opls_271 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; CG
opls_272 0.17 1 0.922 0.148 0.85 ; OD1
opls_274 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CB
opls_283 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; CA on C-terminal ALA,CYS,SER,THR,HIS,ASP,ASN
opls_284 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CA on C-terminal GLY
opls_285 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; CA on C-terminal PRO
opls_287 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; NZ
opls_290 0.1 1 1 0.115 0.85 ; HZ1
opls_292 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CE
opls_292B 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CA in GLY-NH3+ N-term.
opls_293B 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; CA in NH3+ N-term, All AA except GLY & PRO
opls_295 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; AA C-alpha on N-term PRO
opls_296 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; AA:C-delta in N-term PRO NH2+
opls_300 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; NH1
opls_301 0.1 1 1 0.115 0.85 ; HH11
opls_302 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; CZ (why 0.012 in Charmm?)
opls_303 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; NE
opls_304 0.1 1 1 0.115 0.85 ; HE
opls_307 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CD
opls_308 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CG
opls_309 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N (R2NH2+), N-terminal PRO NH2+
opls_310 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H (R2NH2+)
opls_500 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; CG
opls_501 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; CD2
opls_502 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; CE2
opls_503 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; NE2
opls_504 0.1 1 1 0.125 0.85 ; HE2
opls_505 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CB
opls_506 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; CE1
opls_507 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; CG
opls_508 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; CD2
opls_509 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; CE1
opls_510 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; CG
opls_511 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; ND1
opls_512 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; ND1
opls_513 0.1 1 1 0.115 0.85 ; HD1
opls_514 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; CD1
opls_900 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; NZ
opls_906 0.19 1 1.045 0.190 0.72 ; CE
opls_909 0.1 1 1 0.115 0.85 ; HZ1
opls_911 0.1 1 1 0.125 0.85 ; HE1
; masscenters for vsites do not have gbsa parameters
MNH2 0 0 0 0 0
MNH3 0 0 0 0 0
MCH3A 0 0 0 0 0
MCH3B 0 0 0 0 0
|