/usr/share/gromacs/top/amber99.ff/gbsa.itp is in gromacs-data 4.5.5-2.
This file is owned by root:root, with mode 0o644.
The actual contents of the file can be viewed below.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 | [ implicit_genborn_params ]
; atype sar st pi gbr hct
;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
C 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C
CA 0.18 1 1.037 0.1875 0.72 ; C
CB 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C
CC 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C
CN 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C
CR 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C
CT 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; C
CV 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C
CW 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C
C* 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C
H 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H
HC 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
H1 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
HA 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
H4 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H
H5 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
HO 0.1 1 1 0.105 0.85 ; H
HS 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H
N 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N
NA 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N
NB 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N
N2 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; N
N3 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N
O 0.15 1 0.926 0.148 0.85 ; O
OH 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; O
O2 0.17 1 0.922 0.148 0.85 ; O
S 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S
SH 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S
; masscenters for vsites do not have gbsa parameters
MNH3 0 0 0 0 0
MCH3 0 0 0 0 0
|