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/usr/include/libGkArrays-2.1.0/gkCFPSBuilder.h is in libgkarrays-dev 2.1.0+dfsg-1.

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*                                                                             *
*  Copyright © 2010-2013 -- IRB/INSERM                                        *
*                           (Institut de Recherches en Biothérapie /          *
*                           Institut National de la Santé et de la Recherche  *
*                           Médicale)                                         *
*                           LIFL/INRIA                                        *
*                           (Laboratoire d'Informatique Fondamentale de       *
*                           Lille / Institut National de Recherche en         *
*                           Informatique et Automatique)                      *
*                           LIRMM/CNRS                                        *
*                           (Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de   *
*                           Microélectronique de Montpellier /                *
*                           Centre National de la Recherche Scientifique)     *
*                           LITIS                                             *
*                           (Laboratoire d'Informatique, du Traitement de     *
*                           l'Information et des Systèmes).                   *
*                                                                             *
*                                                                             *
*  Auteurs/Authors: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr>              *
*                   Mikaël SALSON    <mikael.salson@lifl.fr>                  *
*                   Thierry LECROQ   <thierry.lecroq@univ-rouen.fr>           *
*                   Martine LÉONARD  <Martine.Leonard@univ-rouen.fr>          *
*                   Éric RIVALS      <eric.rivals@lirmm.fr>                   *
*                                                                             *
*  Programmeurs                                                               *
*      /Progammers: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr>              *
*                   Mikaël SALSON    <mikael.salson@lifl.fr>                  *
*  with additional contribution for the packaging of:	                      *
*                   Alban MANCHERON  <alban.mancheron@lirmm.fr>               *
*                                                                             *
*  Contact:         Gk-Arrays list   <crac-gkarrays@lists.gforge.inria.fr>    *
*                                                                             *
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*  Ce fichier fait partie de la librairie Gk-arrays.                          *
*                                                                             *
*  La librairie Gk-arrays  a  pour objectif d'indexer de grands ensembles de  *
*  lectures de séquences issues du séquençage haut-débit.                     *
*                                                                             *
*  Ce logiciel est régi par la licence CeCILL-C soumise au droit français et  *
*  respectant les principes  de diffusion des logiciels libres.  Vous pouvez  *
*  utiliser, modifier et/ou redistribuer ce programme sous les conditions de  *
*  la licence CeCILL-C telle que diffusée par le CEA, le CNRS et l'INRIA sur  *
*  le site "http://www.cecill.info".                                          *
*                                                                             *
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*  utilisateurs  sont donc  invités  à  charger  et  tester  l'adéquation du  *
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*  This File is part of the Gk-arrays library.                                *
*                                                                             *
*  The Gk-arrays library aims at indexing k-factors from a huge set of        *
*  sequencing reads.                                                          *
*                                                                             *
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*  "http://www.cecill.info".                                                  *
*                                                                             *
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*                                                                             *
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*  professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore      *
*  encouraged to load and test the software's suitability as regards their    *
*  requirements in conditions enabling the security of their systems and/or   *
*  data to be ensured and, more generally, to use and operate it in the same  *
*  conditions as regards security.                                            *
*                                                                             *
*  The fact that you are presently reading this means that you have had       *
*  knowledge of the CeCILL-C license and that you accept its terms.           *
*                                                                             *
******************************************************************************/

#ifndef GKCFPS_BUILDER_H
#define GKCFPS_BUILDER_H

#include "basic.h"
#include "utils.h"
#include "solArray.h"
#include <cstdlib>
#include <pthread.h>

using namespace std;

namespace gkarrays {

  class GkCFPSBuilder {
  private:
    SolArray *gkCFPS;

    void monothreadConstruction(SolArray *values, uintSA length);

  public :

    GkCFPSBuilder() ;
    ~GkCFPSBuilder() ;

    /**
     * Build a GkCFPS
     * @param values: a sorted array containing k-mer integer values 
     * @param length: length of the array values (number of elements)
     * @param t: the type of array to build
     * @param nb_threads: the number of threads that can be used
     */
    void build(SolArray *values, uintSA length, array_type t, 
               uint nb_threads=1);
    
    /**
     * @return the last GkCFPS that has been built
     */
    SolArray *getGkCFPS();

  };

}

#endif