/usr/include/libGkArrays-2.1.0/gkArraysBuilder.h is in libgkarrays-dev 2.1.0+dfsg-1.
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* *
* Copyright © 2010-2013 -- IRB/INSERM *
* (Institut de Recherches en Biothérapie / *
* Institut National de la Santé et de la Recherche *
* Médicale) *
* LIFL/INRIA *
* (Laboratoire d'Informatique Fondamentale de *
* Lille / Institut National de Recherche en *
* Informatique et Automatique) *
* LIRMM/CNRS *
* (Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de *
* Microélectronique de Montpellier / *
* Centre National de la Recherche Scientifique) *
* LITIS *
* (Laboratoire d'Informatique, du Traitement de *
* l'Information et des Systèmes). *
* *
* *
* Auteurs/Authors: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr> *
* Mikaël SALSON <mikael.salson@lifl.fr> *
* Thierry LECROQ <thierry.lecroq@univ-rouen.fr> *
* Martine LÉONARD <Martine.Leonard@univ-rouen.fr> *
* Éric RIVALS <eric.rivals@lirmm.fr> *
* *
* Programmeurs *
* /Progammers: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr> *
* Mikaël SALSON <mikael.salson@lifl.fr> *
* *
* Contact: Gk-Arrays list <crac-gkarrays@lists.gforge.inria.fr> *
* *
* ------------------------------------------------------------------------- *
* *
* Ce fichier fait partie de la librairie Gk-arrays. *
* *
* La librairie Gk-arrays a pour objectif d'indexer de grands ensembles de *
* lectures de séquences issues du séquençage haut-débit. *
* *
* Ce logiciel est régi par la licence CeCILL-C soumise au droit français et *
* respectant les principes de diffusion des logiciels libres. Vous pouvez *
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* pris connaissance de la licence CeCILL-C, et que vous en avez accepté les *
* termes. *
* *
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* *
* This File is part of the Gk-arrays library. *
* *
* The Gk-arrays library aims at indexing k-factors from a huge set of *
* sequencing reads. *
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* This software is governed by the CeCILL-C license under French law and *
* abiding by the rules of distribution of free software. You can use, *
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* encouraged to load and test the software's suitability as regards their *
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* conditions as regards security. *
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* The fact that you are presently reading this means that you have had *
* knowledge of the CeCILL-C license and that you accept its terms. *
* *
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#ifndef GKARRAYSBUILDER_H
#define GKARRAYSBUILDER_H
#include "gkArraysTypes.h"
#include "gkArrays.h"
#include "solArray.h"
using namespace std;
namespace gkarrays {
class GkArraysBuilder {
private:
SolArray *gkSA;
SolArray *gkCFPS;
SolArray *gkIFA;
public:
/**
* Build the tables of the GkArrays for the input data.
* @param cr: the concatenation of reads
* @param length: length of the read concatenation
* @param k: length of the k-mers
* @param gk: gkArrays to be used for computing gkIFA
* @param type: the type of array to build
* @param nb_threads: the number of threads that can be used
*/
GkArraysBuilder(unsigned char* cr, uintSA length, int k, gkArrays *gk, array_type type, uint nb_threads);
~GkArraysBuilder();
SolArray *getGkCFPS();
SolArray *getGkIFA();
SolArray *getGkSA();
};
}
#endif
|