/usr/lib/emboss/include/embpat.h is in emboss-lib 6.6.0+dfsg-1.
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**
** General routines for pattern matching.
**
** @author Copyright (C) Alan Bleasby 1999
** @version $Revision: 1.25 $
** @modified $Date: 2012/12/07 10:24:56 $ by $Author: rice $
** @@
**
** This library is free software; you can redistribute it and/or
** modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
** License as published by the Free Software Foundation; either
** version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
**
** This library is distributed in the hope that it will be useful,
** but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
** MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
** Lesser General Public License for more details.
**
** You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
** License along with this library; if not, write to the Free Software
** Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston,
** MA 02110-1301, USA.
**
******************************************************************************/
#ifndef EMBPAT_H
#define EMBPAT_H
/* ========================================================================= */
/* ============================= include files ============================= */
/* ========================================================================= */
#include "ajdefine.h"
#include "ajstr.h"
#include "ajlist.h"
#include "ajfile.h"
#include "ajpat.h"
#include "ajseqdata.h"
#include "ajarr.h"
AJ_BEGIN_DECLS
/* ========================================================================= */
/* =============================== constants =============================== */
/* ========================================================================= */
/* ========================================================================= */
/* ============================== public data ============================== */
/* ========================================================================= */
/* @enum AjEPatType ***********************************************************
**
** Enumerated sequence pattern type
**
** @value PATSEQ_UNKNOWN type not defined
** @value PATSEQ_BMH Boyer, Moore, Horspool
** @value PATSEQ_BYP Baeza-Yates, perleberg
** @value PATSEQ_SO Shift-OR
** @value PATSEQ_BYGC Baeza-Yates, Gonnet classes
** @value PATSEQ_PROSITE Prosite pattern as regular expression
** @value PATSEQ_TUB Tarhito, Ukkonen, Bleasby
** @value PATSEQ_OTHER Brute force processing
** @value PATSEQ_MAX Beyond last defined value
******************************************************************************/
typedef enum AjOPatseqType
{
PATSEQ_UNKNOWN,
PATSEQ_BMH,
PATSEQ_BYP,
PATSEQ_SO,
PATSEQ_BYGC,
PATSEQ_PROSITE,
PATSEQ_TUB,
PATSEQ_OTHER,
PATSEQ_MAX
} EmbEPatseqType;
/* @data EmbPPatMatch *********************************************************
**
** NUCLEUS data structure for pattern matches
**
** @attr start [ajuint*] Match start positions
** @attr len [ajuint*] Match lengths
** @attr number [ajuint] Number of matches
** @attr Padding [char[4]] Padding to alignment boundary
** @@
******************************************************************************/
typedef struct EmbSPatMatch {
ajuint *start;
ajuint *len;
ajuint number;
char Padding[4];
} EmbOPatMatch;
#define EmbPPatMatch EmbOPatMatch*
/* @data EmbPPatRestrict ******************************************************
**
** NUCLEUS data structure for pattern matches
**
** @attr cod [AjPStr] Restriction Enzyme name
** @attr pat [AjPStr] Recognition site
** @attr bin [AjPStr] Binary converted site
** @attr len [ajuint] Pattern length
** @attr blunt [AjBool] Blunt true, sticky false
** @attr cut1 [ajint] First 3' cut
** @attr cut2 [ajint] First 5' cut
** @attr cut3 [ajint] Second 3' cut
** @attr cut4 [ajint] Second 5' cut
** @attr org [AjPStr] Organism
** @attr iso [AjPStr] Isoschizomers
** @attr meth [AjPStr] Methylation
** @attr sou [AjPStr] Source
** @attr sup [AjPStr] Suppliers
** @attr ncuts [ajuint] Number of cuts
** @attr Padding [char[4]] Padding to alignment boundary
** @@
******************************************************************************/
typedef struct EmbSPatRestrict
{
AjPStr cod;
AjPStr pat;
AjPStr bin;
ajuint len;
AjBool blunt;
ajint cut1;
ajint cut2;
ajint cut3;
ajint cut4;
AjPStr org;
AjPStr iso;
AjPStr meth;
AjPStr sou;
AjPStr sup;
ajuint ncuts;
char Padding[4];
} EmbOPatRestrict;
#define EmbPPatRestrict EmbOPatRestrict*
#define EmbPPatBYPNode AjOPatBYPNode*
#define EmbOPatBYPNode AjOPatBYPNode
/* ========================================================================= */
/* =========================== public functions ============================ */
/* ========================================================================= */
/*
** Prototype definitions
*/
void embPatBMHInit (const AjPStr pat, ajuint len, ajint *next);
ajuint embPatBMHSearch (const AjPStr str, const AjPStr pat,
ajuint slen, ajuint plen,
const ajint *skip, ajuint start,
AjBool left, AjBool right,
AjPList l, const AjPStr name, ajuint begin);
ajuint embPatBruteForce (const AjPStr seq, const AjPStr pat,
AjBool amino,
AjBool carboxyl,
AjPList l, ajuint begin, ajuint mm,
const AjPStr name);
void embPatBYGCInit (const AjPStr pat, ajuint *m, ajuint *table,
ajuint *limit);
ajuint embPatBYGSearch (const AjPStr str, const AjPStr name,
ajuint begin, ajuint plen,
const ajuint *table, ajuint limit,
AjPList l, AjBool amino, AjBool carboxyl);
void embPatBYPInit (const AjPStr pat, ajuint len,
EmbPPatBYPNode offset, ajint *buf);
ajuint embPatBYPSearch (const AjPStr str, const AjPStr name,
ajuint begin,
ajuint slen, ajuint plen, ajuint mm,
EmbPPatBYPNode offset, ajint *buf,
AjPList l, AjBool amino, AjBool carboxyl,
const AjPStr pat);
AjBool embPatClassify (const AjPStr pat, AjPStr *cleanpat,
AjBool *amino, AjBool *carboxyl,
AjBool *fclass, AjBool *ajcompl,
AjBool *dontcare, AjBool *range,
AjBool protein);
void embPatCompile(ajuint type, const AjPStr pattern,
ajuint* plen, ajint** buf,
EmbPPatBYPNode off, ajuint** sotable,
ajuint* solimit, ajuint* m, AjPStr* regexp,
ajuint*** skipm, ajuint mismatch);
void embPatFuzzSearch(ajuint type, ajuint begin,
const AjPStr pattern,
const AjPStr name,
const AjPStr text, AjPList l,
ajuint plen, ajuint mismatch,
AjBool left, AjBool right,
ajint *buf, EmbPPatBYPNode off,
const ajuint *sotable,
ajuint solimit, const AjPStr regexp,
ajuint * const *skipm,
ajuint *hits, ajuint m, const void **tidy);
void embPatFuzzSearchAll(ajuint type, ajuint begin,
const AjPStr pattern,
const AjPStr name,
const AjPStr text, AjPList l,
ajuint plen, ajuint mismatch,
AjBool left, AjBool right,
ajint *buf, EmbPPatBYPNode off,
const ajuint *sotable,
ajuint solimit, const AjPStr regexp,
ajuint * const *skipm,
ajuint *hits, ajuint m, const void **tidy);
ajuint embPatGetType(const AjPStr pattern, AjPStr *cleanpat,
ajuint mismatch,
AjBool protein,
ajuint *m, AjBool *left, AjBool *right);
void embPatCompileII (AjPPatComp thys, ajuint mismatch);
void embPatFuzzSearchII (AjPPatComp thys, ajuint begin,
const AjPStr name, const AjPStr text,
AjPList l, ajuint mismatch, ajuint *hits,
const void **tidy);
void embPatFuzzSearchAllII (AjPPatComp thys, ajuint begin,
const AjPStr name, const AjPStr text,
AjPList l, ajuint mismatch, ajuint *hits,
const void **tidy);
ajuint embPatGetTypeII (AjPPatComp thys, const AjPStr pattern,
ajuint mismatch, AjBool protein);
void embPatKMPInit (const AjPStr pat, ajuint len, ajint *next);
ajuint embPatKMPSearch (const AjPStr str, const AjPStr pat,
ajuint slen, ajuint plen,
const ajint *next, ajuint start);
void embPatMatchDel (EmbPPatMatch* pthis);
EmbPPatMatch embPatMatchFind (const AjPStr regexp, const AjPStr strng,
AjBool left, AjBool right);
EmbPPatMatch embPatMatchFindC (const AjPStr regexp, const char *sptr,
AjBool left, AjBool right);
EmbPPatMatch embPatMatchFindAll (const AjPStr regexp, const AjPStr strng,
AjBool left, AjBool right);
EmbPPatMatch embPatMatchFindAllC (const AjPStr regexp, const char *sptr,
AjBool left, AjBool right);
ajuint embPatMatchGetEnd (const EmbPPatMatch data, ajuint indexnum);
ajuint embPatMatchGetLen (const EmbPPatMatch data, ajuint indexnum);
ajuint embPatMatchGetNumber (const EmbPPatMatch data);
ajuint embPatMatchGetStart (const EmbPPatMatch data, ajuint indexnum);
AjPStr embPatPrositeToRegExp (const AjPStr s);
AjPStr embPatPrositeToRegExpEnds (const AjPStr s,
AjBool start, AjBool end);
void embPatPushHit (AjPList l, const AjPStr name,
ajuint pos, ajuint plen,
ajuint begin, ajuint mm);
void embPatRestrictDel (EmbPPatRestrict *thys);
EmbPPatRestrict embPatRestrictNew (void);
ajuint embPatRestrictMatch (const AjPSeq seq,
ajuint begin, ajuint end,
AjPFile enzfile, AjPFile methfile,
const AjPStr enzymes,
ajuint sitelen, AjBool plasmid,
AjBool ambiguity, ajuint min, ajuint max,
AjBool blunt, AjBool sticky,
AjBool commercial, AjBool methyl,
AjPList l);
void embPatRestrictPreferred(AjPList l, const AjPTable t);
AjBool embPatRestrictReadEntry (EmbPPatRestrict re, AjPFile inf);
ajuint embPatRestrictRestrict (AjPList l, ajuint hits, AjBool isos,
AjBool alpha);
ajuint embPatRestrictScan (const EmbPPatRestrict enz,
const AjPStr substr,
const AjPStr binstr, const AjPStr revstr,
const AjPStr binrev, ajuint len,
AjBool ambiguity,
AjBool plasmid, ajuint min,
ajuint max, ajuint begin, AjPList l);
ajint embPatRestrictCutCompare(const void *a, const void *b);
ajint embPatRestrictNameCompare(const void *a, const void *b);
ajint embPatRestrictStartCompare(const void *a, const void *b);
EmbPPatMatch embPatSeqMatchFind (const AjPSeq seq, const AjPStr reg);
EmbPPatMatch embPatSeqMatchFindC (const AjPSeq seq, const char *reg);
EmbPPatMatch embPatSeqMatchFindAll (const AjPSeq seq, const AjPStr reg);
EmbPPatMatch embPatSeqMatchFindAllC (const AjPSeq seq, const char *reg);
AjPStr embPatSeqCreateRegExp (const AjPStr thys, AjBool protein);
AjPStr embPatSeqCreateRegExpC (const char *ptr, AjBool protein);
void embPatSOInit (const AjPStr pat, ajuint *table,
ajuint *limit);
ajuint embPatSOSearch (const AjPStr str, const AjPStr name,
ajint first,
ajuint begin, ajuint plen, const ajuint *table,
ajuint limit, AjPList l,
AjBool amino, AjBool carboxyl);
void embPatTUBInit (const AjPStr pat, ajuint **skipm,
ajuint m, ajuint k, ajuint plen);
ajuint embPatTUBSearch (const AjPStr pat,const AjPStr text,
ajuint slen,
ajuint * const *skipm, ajuint m,
ajuint k, ajuint begin,
AjPList l, AjBool amino,
AjBool carboxyl, const AjPStr name,
ajuint plen);
void embPatTUInit (const AjPStr pat,
ajuint **skipm, ajuint m, ajuint k);
ajuint embPatTUSearch (const AjPStr pat,
const AjPStr text, ajuint slen,
ajuint * const *skipm, ajuint m,
ajuint k, ajuint begin,
AjPList l, AjBool amino,
AjBool carboxyl, const AjPStr name);
ajuint embPatVariablePattern (const AjPStr pattern,
const AjPStr text,
const AjPStr patname, AjPList l,
ajuint mode,
ajuint mismatch, ajuint begin);
/*
** End of prototype definitions
*/
AJ_END_DECLS
#endif /* !EMBPAT_H */
|